携帯自動振分けプラグインが正常に機能せず、PC用のページがスマホでも出てしまいます。
もともと既存のHPにリンクを張り使用していますが、複数のカートを使い分けたくsoyshopのインストールの階層は「cart」というフォルダーを作り更に「sports」という階層に設置いたしました。
　cart / sports / soyshop　となる様になっています。
　cart / sports / shop　もこの階層に作りました。
　shop　または　soyshop　の階層がこの位置で不具合が出たのだと思いますが、このままで動作するようにするには

　soyshop/webapp/src/module/plugins/util_mobile_check　内のどのファイルをどう書き換えたらよいか、アドバイスいただけないでしょうか。

宜しくお願いいたします。

soyshop/webapp/src/module/plugins/util_mobile_check　内のどのファイルをどう書き換えたらよいか、アドバイスいただけないでしょうか。

設定内容がどうなっているか？がわからないと、正常に動作しているか？やファイル内をどう書き換えるか？といったことをアドバイスすることは難しいです。

最初に「携帯自動振分けプラグイン」の設定内容をキャプチャでお伝えください。
一点確認ですが設定画面に記載されているページは作成されていますか？

cart / sports / shop　もこの階層に作りました。

あと上記のパスは何でしょうか？ショップサイト用のディレクトリをsoyshopと同階層に作成したということでしょうか？

もし、貴方がPHPを修正できるのでれば、

/インストールディレクトリ/soyshop/webapp/src/module/plugins/util_mobile_check/util/UtilMobileCheckUtil.class.php

上記のファイルで$_SERVER["REQUEST_URI"]と$_SERVER["PATH_INFO"]を用いている箇所があります。
この箇所を調べてみてください。