Xserver利用のユーザーより、契約アカウントにおける大量メール送信スパムと思われるメールが
同設定ドメインメールアカウントより大量に配信されているとの連絡が入り、メールのPW変更、利用PCのウィルスチェックは実施済みです。
そのXserverよりのメール本文に
「さらに、FTPサーバー上のデータについても一旦全てのデータをダウンロードしていただき、
ウィルス等の感染チェックを行っていただくようお願いいたします。」との記載がありました。

公開サイトはSOYCMS　SQLiteとInquiryで構成してあります。
作成してあるルート設定の公開サイトフォルダ内のファイルはバックアップデータと一応チェックして、問題がないようなのですが、
CMSプログラムについては「ダウンロードしてウィルス等の感染チェック」は行わず、
CMSのプログラムを入れてあるフォルダのみ残して、CMSプログラム全部を一旦削除して、これを機に最新バージョンに入れ替えた方がよいのではないかと思ったのですが、
以下の手順
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1.公開サイト用フォルダと現在の公開データはそのまま
2.CMSプログラムフォルダはそのままで中にあるSOYCMSプログラムは削除
3.最新版soycms_3.2.17_sqliteとsoyinquiry2.2.0をサーバーにアップ
4.管理画面からログイン
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この方法で、何か問題があるかアドバイス頂きたく、どうぞよろしくお願いいたします。

CMSの引っ越しということで話を進めます。
SOY CMSで生成されていて引っ越しで必ず移行しなければならないのは下記になります。
※作成したサイトのIDをsite、CMSのインストールディレクトリをcmsとして話を進めます。
・CMSのデータベース　アカウントや作成したサイトに関する情報があります
/ドキュメントルート/cms/common/db/cms.db
/ドキュメントルート/cms/common/db/file.db
・SOY Inquiryのデータベース
/ドキュメントルート/cms/common/db/inquiry.db
・サイトのデータベース
/ドキュメントルート/site/.db/sqlite.db
・下記はサイトの設定に関するものです
/ドキュメントルート/site/.plugin/以下すべて
/ドキュメントルート/site/files/以下すべて(サイトの運営中にアップロードされたファイル群)

あとは適宜、サイトの構築に用いたものをアップロードしてください。

斎藤様
ご多忙の中、アドバイス頂きありがとうございます、kamoです。
ご記載の手順に沿って作業を行い、無事CMSの入れ替えが完了できました。
今回のような、バージョンアップでなく、同じ場所に再インストールし、公開情報を引き継ぐのは初めてだったので、大変助かりました。
今後ともどうぞよろしくお願いいたします。