現在、機器を購入した顧客向けの保守管理を行う為「会員管理＋メール自動配信」的なシステムにsoycmsをテストしています。前回のアドバイスを元にsoyshopは会員管理を使用しています。現在はインストール手順を元にcommon/dbにcmsとinquiryとshopとsoymailのdbが出来ました。（しばらくはsqliteなので問題ないですが）sqliteからMySQLにデータベースを変更しようとした場合、common/config/db.mysql.phpに接続情報を書いて（保存しました）MySQL側にDB作成（テーブルcreate）しようとすれば、再度別サイトを立てるべきか？またはマニュアルに記載はありますでしょうか？

MySQLのクエリをご自身でどうにかできるのであればmysq.phpに接続情報を書くことで何とかなりますが、どうにかできないのであれば再度別サイトを立てた方が良いです。

この手の内容はマニュアルに記載できる規模ではないので、記載はありません。