
ボックスに円柱状の穴を空けてみます。
先にボックスを配置して、その中に円柱を配置して、その円柱を透明にするの順にコードを書くことで、ボックスに円柱状の穴を空けることができます。
上記の通りにコードを作成してみますと、

このようになります。
一行目のボックスでは赤丸の箇所を選択しておき、二行目の円柱では灰色の斜め線(透明)の丸を選択します。
このコードを実行してみますと、

ボックスに穴は空かず、ボックス内に丸い模様が表示されます。
Tinkercadでは、複数のシェイプを組み合わせる時には

このように付与したいブロック(今回であれば円柱状の空洞)の後にGroup Selectionブロックを追加する必要があります。
Group Selectionブロックにより、ボックスと円柱がグループ化し、

透明の円柱の効果が有効になります。