本日soycmsを3.11.46、soyshopを2.8.30にアップデートしたところ、
それまで表示されていなかった表題のメッセージブロックが赤文字で表示されました。
こんな感じです。

クレジットカード支払いで失敗している可能性のある注文があります。
注文の検索画面で下記の注文番号 + 注文状況を仮登録の条件で検索をして注文詳細をご確認ください。
1-0804-0511 （2020-09-23 10:58:25）支払い状況：支払待ち
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注文画面で表示された番号を検索してみましたが「該当なし」となります。
カードの決済会社の管理画面で検索すると確かに表示されますが、未決済となっていました。
使用しているプラグインはGMOペイメントのプロトコルタイプです。
これはどのように対応すればよろしいでしょうか。
よろしくお願いいたします。

注文番号 + 注文状況を仮登録の条件で検索

上記で記載されている通りの手順で検索をしてください。

仮登録で検索をする方法は下記のURLに記載があります。
https://saitodev.co/app/bulletin/board/topic/detail/243#1185

注文の詳細にGMOトランザクションIDの値がありますので、その情報を元にクレジット決済代行会社の方に問い合わせをしてみてください。

ありがとうございます。
対応してみます。