いつも大変お世話になっておりますkamoです。

スクリーンリーダーとキーボードのみの操作で扱いやすいように、
記事管理者用管理画面の一部に、
メニュースキップと補助的なコードなど少しだけ追加したいと思っています。

管理画面関係の以下ファイルを変更した場合、
_common/TabPage.html
_common/ToolBoxPage.html
Simple/IndexPage.html
Entry/IndexPage.html
Entry/DetailPage.html
Entry/ListPage.html
Blog/ListPage.html

バージョンアップで上書きされない管理画面にするときは、次の手順でよいでしょうか？
なお、一般管理者や総合管理者画面の変更はしない予定です。
なので、エクストラモードと変更前の標準モードの切り替えリンクは必要ないかと思っています。

変更手順-------------
/CMSインストールディレクトリ/soycms/webapp/pages/のディレクトリをコピーし、他のディレクトリ名と被らないように名前（例えばpages2_only）に変更を行い、webappディレクトリ以下に配置。

pages2_only内の該当ファイルを編集。

webappディレクトリ以下にあるconfig.ext.sample.phpをconfig.ext.phpに名前変更を行い、ファイルを開いて最初の行にある定数定義でdefine("EXT_MODE_DERECTORY_NAME", "pages2_only");
と作成したディレクトリ名を定義。

常にエクストラモードを開くように、
$isExtMode = (isset($_COOKIE["soycms_ext"])) ? $_COOKIE["soycms_ext"] : 0;
をコメントアウトして、
$isExtMode = 1;
にする。

上記でバージョンアップで上書きされない管理画面になりますでしょうか。
お手数をお掛け致しますが、手順をお教えいただきたく
よろしくお願いいたします。

エクストラモードよりも下記のページに記載されている方法を採用した方が良いです。
SOY2HTMLで軽微なカスタマイズを加える為の機能を追加しました - saitodev.co

エクストラモードはカスタマイズを加えないページも一応用意しておかなければなりませんが、今回の用途ではHTMLファイルのみですので、エクストラモードは不要です。

今回の機能に関して対応漏れがありましたので、最新版にしてからお試しください。
https://saitodev.co/soycms/soycms/

kamoです。
ご紹介頂いた記事
「SOY2HTMLで軽微なカスタマイズを加える為の機能を追加しました」
の方が断然楽ですね！
上記の方法で、うまくいきました。ありがとうございました。