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石灰岩質の土壌では、カルシウム過剰により植物がカルシウム欠乏を起こすという逆説的な現象が起こる。高濃度のカルシウムは土壌pHを上昇させ、鉄やマンガン、リン、ホウ素、銅、亜鉛などの微量要素の吸収を阻害する。これらの要素は植物の生育に必須であるため、欠乏すると生育不良や黄化などの症状が現れる。具体的には、鉄欠乏は葉脈間の黄化、マンガン欠乏は葉脈に沿った黄化を引き起こす。リン欠乏は生育不良や根の発達阻害、ホウ素欠乏は花や果実の奇形、銅欠乏は葉の先端の白化、亜鉛欠乏は節間の短縮などを招く。カルシウム過剰によるこれらの問題に対処するには、土壌pHの調整が重要となる。酸性の堆肥や硫黄を施用することでpHを下げ、微量要素の吸収を促進できる。また、微量要素を含む肥料を施用することも有効である。