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カカオプロテインは、小腸で消化吸収されずに大腸に届き、便通改善効果を持つ可能性のある難消化性タンパク質。その構造の詳細は不明だが、難消化性タンパク質は一般的にレジスタントプロテインと呼ばれ、高次構造の安定性、特定の結合（イソペプチド結合）、糖鎖やリン酸による修飾、凝集といった要因で消化酵素が作用しにくくなると考えられる。チョコレート製造過程を考えると、カカオプロテインの難消化性は高次構造の安定性や糖鎖修飾によるものと推測される。