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カカオプロテインは難消化性タンパク質で、その原因はイソペプチド結合にある。通常、アミノ酸はアミノ基とカルボキシル基でペプチド結合を形成する。しかし、イソペプチド結合はアスパラギン酸やリジンの側鎖にあるカルボキシル基やアミノ基が、他のアミノ酸のアミノ基やカルボキシル基(側鎖も含む)と結合する。この側鎖同士の結合がタンパク質の構造を変化させ、消化酵素による分解を阻害し、難消化性につながると考えられる。カカオプロテインにはこのイソペプチド結合が多く含まれている可能性がある。
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カカオプロテインは、小腸で消化吸収されずに大腸に届き、便通改善効果を持つ可能性のある難消化性タンパク質。その構造の詳細は不明だが、難消化性タンパク質は一般的にレジスタントプロテインと呼ばれ、高次構造の安定性、特定の結合（イソペプチド結合）、糖鎖やリン酸による修飾、凝集といった要因で消化酵素が作用しにくくなると考えられる。チョコレート製造過程を考えると、カカオプロテインの難消化性は高次構造の安定性や糖鎖修飾によるものと推測される。
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チョコレートの原料であるカカオ豆に含まれるカカオポリフェノールについて解説。カカオポリフェノールは、エピカテキン、カテキン、プロシアニジンといった一般的なポリフェノールで構成されている。これらは、お茶にも含まれる成分である。カカオ豆の発酵過程で酸化が起こり、これらのポリフェノールは重合していると考えられる。そのため、カカオ特有のポリフェノールは存在しないと考えられる。