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肥料の窒素は、植物によって吸収される形態が異なります。畑の作物は主に硝酸イオン（NO₃⁻）の形で窒素を吸収します。土壌中のアンモニウムイオン（NH₄⁺）は、微生物による硝化作用で硝酸イオンに変換されます。しかし、嫌気条件下では脱窒が起こり、窒素ガスが発生したり、亜硝酸がアンモニアに還元されます。一方、水田の稲はアンモニウムイオンの形で窒素を吸収します。近年、畑作物もペプチドやアミノ酸などの有機態窒素を吸収できることがわかってきました。大豆油粕や魚粕などは、こうした有機態窒素を含んでいます。
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大豆に含まれるイソフラボンは女性ホルモンのエストロゲンに類似し、体内でアグリコンに変換されて根粒菌を誘引する。著者は、人間がエストロゲンを合成できなかった場合に備え、大豆にその機能を託したのではないかと推測する。イソフラボンの過剰摂取で拮抗作用が現れるのは、必要量以上の摂取を抑制する機構と考え、味噌や醤油が海外で人気なのも、この生存戦略に関係があるかもしれないと考察。最後に、大豆油粕を発酵させた土で根粒菌が増える可能性に言及している。
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著者は節分に大豆を食べたことをきっかけに、大豆とホウ素の関係について考察している。大豆にはイソフラボンが含まれ、女性の体調を整えるだけでなく、根粒菌の窒素固定にも関わっている。大豆はホウ素要求量が多い作物であり、日本ではホウ素を含む鉱物が少ないため、土壌中のホウ素が枯渇しやすい。しかし、大豆は古くから栽培されており、ホウ素欠乏で栽培不能になったことはない。これは、大豆作でホウ素を保持する仕組みがある可能性を示唆する。そして、過去にマメ科緑肥の効果が薄かったのは、土壌のホウ素欠乏が原因だったのではないかと推測している。ホウ素は鉱物由来で、日本には少ないため、現場をよく知る人は欠乏を懸念する一方、教科書だけの知識では欠乏しないと考える傾向がある。
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微生物資材の効果に疑問を持つなら、その微生物が活躍する発酵食品の製造過程を学ぼう。例えば納豆菌なら、納豆製造過程から、稲わらを好み、大豆タンパク質を餌に、25度程度の温度で活動し、水分が必要なことがわかる。畑に稲わらと大豆油粕、納豆を投入すれば納豆菌の恩恵を受けられる可能性がある。たとえ効果がなくても、有機物が土壌を改善する。微生物は適切な環境があれば増殖するので、微生物資材投入よりも環境整備が重要である。
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ホウ素欠乏は、教科書上ではまれとされるが、現実では頻繁に発生する。これは、土作りを完璧にしても、ホウ素を多く必要とするアブラナ科野菜が、元来日本のようなホウ素濃度が低い環境では栽培に適していないため。ホウ素欠乏を補うためには、日本にほとんど存在しない硼砂（ホウシャ）や小藤石、高価なダイズ油粕などの輸入資材に頼らざるを得ず、海外資源への依存度が高くなる。そのため、キャベツやカブ栽培における収益性は、海外資源の価格に左右されることを認識しておくことが重要である。