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家畜糞堆肥の過剰施用は、秀品率低下や農薬使用量増加につながり、結果的に肥料代削減効果を上回る損失をもたらす。多くの農家が家畜糞堆肥を多用し、土壌劣化を引き起こしている。硝酸態窒素過剰は土壌pHを低下させ、カリウム欠乏、根の弱化、肥料吸収阻害を招く。さらに、硝酸態窒素は発根を阻害し、土壌水分や肥料分の吸収量を低下させる。結果として、微量要素の吸収阻害による作物栄養価の低下も懸念される。家畜糞堆肥は有機質肥料と誤解されがちだが、過剰施用は土壌環境悪化の大きな要因となる。家畜糞の増加は深刻な問題であり、栽培と畜産が連携し、食と健康を見直す必要がある。牛乳は栄養価が高いが、その副産物である家畜糞の処理は適切に行われなければならない。医療費増加抑制のためにも、家畜糞堆肥の施用量を見直すべきである。
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鶏糞堆肥は土壌改良に不向きであり、安価な窒素肥料として使うのも避けるべきです。鶏糞には多量の炭酸石灰とリン酸石灰が含まれており、使用すると土壌の石灰過剰につながり、カルシウム欠乏などの問題を引き起こす可能性があります。
しかし、鶏糞は窒素や石灰を豊富に含むため、窒素肥料としての活用は可能です。その場合は、土壌pH調整を事前に行わず、追肥として使用します。pH調整が必要な場合は、く溶性苦土やクエン酸溶液を併用します。
平飼い養鶏の鶏糞は腐植が多く、給餌の消化率も高いため、上記の注意点は当てはまりにくいでしょう。土壌改良には緑肥の活用が推奨されます。鶏糞を正しく理解し、適切に利用することで、効果的な肥料となります。
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有機配合肥料で窒素成分（N）が高い値を示すことがあり、疑問視する声がある。油粕などの有機肥料はNが7程度、皮粉でも12程度だからだ。しかし、鶏糞に着目すると話は変わる。鶏糞には尿酸が含まれ、分解過程で尿素となる。尿素肥料はNが46%と非常に高い。鶏の生糞を分離して尿酸部分を肥料化すれば、N含有量の高い有機肥料が得られる。これを配合肥料の1/4混ぜれば、全体のNは11%を超える。つまり、高N値の有機配合肥料は理論上可能である。ただし、それは実質的に尿素肥料に近いもので、有機肥料を使う本来の意義からは外れる可能性がある。