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牛糞堆肥の施用は、作物の免疫系を弱める可能性がある。植物は硝酸イオンを吸収しアミノ酸に変換するが、牛糞堆肥のような塩類集積を起こしやすい資材は、硝酸還元に過剰なエネルギーを消費させ、免疫系への負担となる。アミノ酸肥料は光合成産物の節約に繋がり有効だが、土壌に硝酸塩が多いと効果が薄れる。食品残渣発酵物や、特に廃菌床は、硝酸塩集積を起こしにくく、アミノ酸やミネラルも豊富なので、牛糞堆肥より優れた土壌改良材と言える。つまり、牛糞堆肥へのこだわりは、秀品率低下に繋がる可能性があるため、再考すべきである。
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植物は免疫機構として活性酸素を利用し、侵入した菌を死滅させる。活性酸素(スーパーオキシドアニオン)は、電子伝達系（呼吸）におけるエネルギー生産過程の副産物として常に生成されている。これは、菌侵入への迅速な対応を可能にする。しかし、過剰な活性酸素は自身を傷つけるため、マンガン等の電子を用いて除去する必要がある。つまり、免疫と活性酸素制御の両方に電子が不可欠で、光合成で得た電子を糖に蓄え利用している。この電子の流れとバランスが植物の健康を維持する鍵となる。
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鉄イオンは電子を放出しやすく受け取りやすい性質から、生物の様々な反応に関与する。例えば、植物は鉄イオンを利用して硝酸イオンを還元し、窒素を同化する。また、生物は活性酸素を用いて菌を殺菌するが、活性酸素は自身の細胞も傷つけるため、スーパーオキシドディスムターゼ（SOD）とペルオキシダーゼを用いて活性酸素を鎮める。これらの酵素は鉄（もしくはマンガン）から電子を受け取り、活性酸素を無害化する。つまり、鉄は活性酸素の生成と消去の両方に重要な役割を果たしている。このように、鉄とうまく付き合うことで、生物は様々な代謝をスムーズに行うことができる。
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植物は光合成で得た糖を分解し、クエン酸回路の中間体である有機酸に、硝酸から還元したアミノ基(-NH₂)を付加することでアミノ酸を合成する。グルタミン酸はα-ケトグルタル酸に、アスパラギン酸はオキサロ酢酸に、アラニンはピルビン酸に、それぞれアミノ基が付加されて生成される。グルタミン酸は、アスパラギン酸とアラニンの合成にも関与する重要なアミノ酸である。植物がアミノ酸を直接吸収できれば、硝酸還元と糖分解の過程を省略できる。動物もアミノ基があれば有機酸からアミノ酸を合成できるが、必須アミノ酸は体内で合成できないか、合成量が不足するため、食物から摂取する必要がある。グルタミン酸は旨味成分としても重要である。
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クエン酸回路で生成されたNADH<sub>2</sub><sup>+</sup>を利用し、ミトコンドリアの電子伝達系で大量のATPが合成される。葉緑体と同様にプロトン駆動力を使うが、ミトコンドリア内膜の内外でH+を移動させる点が異なる。NADHの電子を用いてH+を膜の外へ放出し、ATP合成酵素を通して内側に戻す際に生じるエネルギーでATPを生成する。これで糖からエネルギーを取り出す過程が完了し、全体の反応式C<sub>6</sub>H<sub>12</sub>O<sub>6</sub> + 6O<sub>2</sub> + 38ADP → 6H<sub>2</sub>O + 6CO<sub>2</sub> + 38ATPとも一致する。
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解糖系で生成されたピルビン酸は、ミトコンドリア内でクエン酸回路に入り、電子を放出する。この回路では、ケトグルタル酸など様々な有機酸を経由し、NADH₂⁺の形で電子を取り出す。ケトグルタル酸は植物のアミノ酸合成にも利用される物質である。つまり、植物はクエン酸回路で生成される有機酸をアミノ酸合成にも活用している。そのため、糖をアミノ酸合成に利用する植物にとって、アミノ酸を直接吸収する能力は大きなメリットとなる。
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植物にとって最も重要な植物ホルモンであるオーキシンは、成長や発達に様々な影響を与える。オーキシンは茎の先端で合成され、重力の方向に移動することで植物の成長方向を制御する。この重力による移動は、オーキシン排出キャリアのPINタンパク質が細胞膜の特定の位置に配置されることで実現される。オーキシンは細胞壁を緩めることで細胞伸長を促進し、高濃度では逆に成長を阻害する。この性質を利用し、植物は光の方向へ成長する屈光性を示す。オーキシンは側根の形成や果実の発達にも関与し、農業分野でも挿し木の発根促進などに利用されている。オーキシンは植物の形態形成に不可欠なホルモンであり、その作用メカニズムの解明は植物科学の重要な課題である。
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葉緑体は光合成で水を分解し、電子を取り出す過程で酸素と水素イオン(H⁺)を生成する。電子はNADPHに蓄えられ、後のブドウ糖合成に使われる。一方、H⁺は葉緑体内のATP合成酵素を通過する際に生じるプロトン駆動力によってADPからATPを生成する。このATPは、二酸化炭素からブドウ糖を合成する暗反応で使われ、光合成全体の反応が完結する。つまり、葉緑体は光エネルギーを利用して水を分解し、電子とH⁺からそれぞれNADPHとATPを作り、ブドウ糖合成に必要なエネルギーを自前で供給している。
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植物は光合成の明反応で水から電子を取り出し、NADPHの形で蓄える。暗反応（カルビン・ベンソン回路）では、二酸化炭素からブドウ糖を合成する際に、このNADPHから電子が有機酸に渡される。結果として、ブドウ糖には水由来の電子が蓄えられることになる。生物はエネルギーが必要な時、このブドウ糖を分解することで電子を取り出し利用する。つまり、ブドウ糖は電子の貯蔵形態として機能している。
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光合成の明反応は、光エネルギーを使って水分子を分解し、化学エネルギーを生成する過程です。葉緑体のチラコイド膜上で起こり、光化学系IIと光化学系Iという二つの光化学系が関与します。まず、光化学系IIにおいて光エネルギーがクロロフィルに吸収され、水が分解されて電子、プロトン（H⁺）、そして酸素が生成されます。電子は電子伝達系を移動する過程でエネルギーを放出し、プロトンはチラコイドルーメンに汲み上げられます。このプロトン濃度勾配を利用してATP合成酵素がATPを合成します。次に、光化学系Iでは再び光エネルギーがクロロフィルに吸収され、電子が再び励起されます。この電子は最終的にNADP⁺に渡され、NADPHが生成されます。生成されたATPとNADPHは、続く暗反応で二酸化炭素から糖を合成するために利用されます。
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赤玉卵の殻は硬さ以外の防御機構として、プロトポルフェリンIXという色素による保護色と殺菌作用を持つ。茶色の色素は地面での保護色となり、プロトポルフェリンIXは光に反応して活性酸素（一重項酸素）を発生させる。この活性酸素は強力な酸化作用で殻の表面の菌を殺菌し、卵内部への侵入を防ぐ。つまり、殻の色はカモフラージュだけでなく、卵を守るための積極的な防御機構としても機能している。
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タンパク質は、アミノ酸がペプチド結合によって鎖状に連結したものです。ペプチド結合は、一つのアミノ酸のカルボキシル基と次のアミノ酸のアミノ基が脱水縮合することで形成されます。この結合は、C-N結合と部分的な二重結合性を持ち、平面構造で回転が制限されます。多数のアミノ酸がペプチド結合でつながり、ポリペプチド鎖を形成します。この鎖が折りたたまれ、特定の立体構造を持つことでタンパク質としての機能を発揮します。様々なアミノ酸の配列と鎖の長さ、そして立体構造によって、多様なタンパク質が作られ、生命活動において重要な役割を担っています。
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葉が黄色くなる原因はマグネシウム不足だけではない。クロロフィルはマグネシウムを中心とした構造だが、ヘモグロビンと似たヘムというタンパク質部分も必要となる。つまり、窒素不足でもクロロフィルは生成されず、葉は黄色くなる。マグネシウム肥料を与えても改善しない場合は、窒素不足も疑うべきである。葉が黄色い時に、ヘム（窒素）の不足も考慮すべきだ。
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タンパク質の三次構造形成には水素結合が関与する。水素結合は電気陰性度の差により極性を持った分子同士の結合である。アミノ酸の中にもアスパラギンやセリンのように極性を持つものがあり、これらが水素結合を形成する。例えば、アスパラギンの側鎖の酸素(δ-)とセリンの側鎖の水素(δ+)の間で水素結合が生じる。このように、アミノ酸の側鎖だけでなく、ペプチド結合などタンパク質中の様々な部位で水素結合は形成され、構造安定化に寄与する。
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水素結合は、電気陰性度の高い原子（例：酸素）と共有結合した水素原子が、別の電気陰性度の高い原子と弱く引き合う結合である。水分子の酸素は水素の電子を引き寄せ、酸素はわずかに負（δ-）、水素はわずかに正（δ+）の電荷を帯びる。この極性により、水分子間で酸素と水素が引き合い、水素結合が形成される。水素結合は比較的弱いが、水の高い沸点のように、物質の性質に大きな影響を与える。タンパク質においても、三次構造の形成に重要な役割を果たす。
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蕎麦殻に含まれるジスルフィド結合切断後のシステイン分解に着目し、有効資材探索の手がかりを探っている。システイン分解過程ではピルビン酸が生成され、同時に硫化水素やアンモニアといった臭気成分も発生する。このことから、硫黄含有量の高いタンパク質は分解時に臭気を発しやすいと推測される。現状では蕎麦殻に有効な資材は不明だが、システイン分解経路の理解が今後の探索に繋がる可能性を示唆している。
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蕎麦アレルギー原因物質Fag e 2の酵素分解耐性は、多数のジスルフィド結合に起因する。ジスルフィド結合切断には、ジチオトレイオール等の還元剤が用いられ、S-S結合に電子を与え還元的に切断する。還元剤は有機物分解により電子を得るため、この過程はエネルギーを消費する。Fag e 2はジスルフィド結合が多く、分解に多くの糖が必要となる可能性が示唆される。このため、蕎麦殻の迅速な土壌還元には、Fag e 2の効率的な分解方法の確立が課題となる。
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タンパク質はアミノ酸がペプチド結合で連なったポリペプチドが折りたたまれて機能を持つ。この折りたたみを安定させる結合の一つにジスルフィド結合がある。これは、アミノ酸のシステイン同士が持つチオール基（SH）が酸化反応により硫黄間で共有結合したもので、他の結合より強固で熱にも強い。ジスルフィド結合が多いほどタンパク質は分解されにくくなる。人体では毛や爪に多く含まれ、分解されにくい性質を説明している。
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タンパク質はアミノ酸がペプチド結合で連なったもので、ペプチド結合はアミノ酸のアミノ基とカルボキシル基が脱水縮合することで形成される。この結合は加水分解で切断できる。しかし、蕎麦アレルゲンFag e 2は酵素分解されにくい。これはペプチド結合以外の結合、例えばジスルフィド結合などがタンパク質の構造を安定化させているためと考えられる。ジスルフィド結合の理解は、蕎麦殻の有効活用につながる可能性がある。
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硫黄コーティング肥料は、硫黄の被膜で肥料成分を覆い、徐放性を高めたもの。被膜は生分解性で徐々に分解し、中の水溶性肥料が効く仕組み。有機質肥料と違い成分が明確なため、栽培計画を立てやすい。均一に撒きやすい形状も利点。疑問点として、硫黄被膜の具体的な構造や環境への影響（残留性など）が不明瞭な点が挙げられる。
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連作障害の原因の一つに、作物自身が出すアレロパシー物質の蓄積がある。アレロパシーとは、植物が他の植物の生育を阻害する物質（アレロケミカル）を放出する作用のこと。例として、ヘアリーベッチはシアナミドを放出し雑草の生育を抑制するが、高濃度では自身の生育にも悪影響を与える。シアナミドは石灰窒素にも含まれる成分で、雑草やセンチュウへの抑制効果がある。コムギやソバなどもアレロパシー物質を出し、連作障害を引き起こす一因となる。
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石灰窒素(CaCN₂)は、土壌消毒と肥料効果を兼ね備えた資材。水と二酸化炭素と反応し、土壌pH調整効果のある炭酸カルシウムと、センチュウなどへの毒性を持つシアナミド(CN₂H₂)を生成する。シアナミドは植物に有害だが、やがて尿素、アンモニア、硝酸と変化し、無害な速効性肥料となる。つまり、石灰窒素は一時的な土壌消毒効果と、その後の肥料効果を持つ。このシアナミドの性質は、連作障害対策において重要な役割を果たす。
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キノコはエルゴステロールというビタミンD前駆体を含み、日光に当てるとビタミンDに変換される。エルゴステロールはキノコの細胞膜成分であり、光で変化するため、キノコ栽培は暗所で行われる。牛乳からのカルシウム摂取は乳糖不耐症の問題があり、卵殻などの炭酸カルシウムを酸で溶かしビタミンDと共に摂取する方が効率的だと筆者は主張する。
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晴天に恵まれ、椎茸を天日干ししている。天日干しすることで風味や栄養価が向上するらしい。調べてみると、風味は乾燥による濃縮だけでなく、ビタミンDの絶対量が増えることが一因であることがわかった。ビタミンDは紫外線照射によって増加する。つまり、椎茸が生育中にビタミンDの前駆体となる物質を蓄積していないと、天日干ししてもビタミンD増加の効果は期待できないと言える。
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大阪前田製菓の「しまじろうのにぎにぎボーロ」の原材料に「卵殻カルシウム」が含まれている。これは卵の殻を粉砕・加熱消毒したもので、主成分は炭酸カルシウム。胃酸と反応しpHを上げカルシウム摂取を促す。飼料や胃薬にも使われる安全な成分である。卵の殻は廃棄せず有効活用できる。幼児には胃もたれ防止効果があるのだろうか、という疑問が残る。
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ゆで卵の殻をプランターに播いた。卵の殻は9割近くが炭酸カルシウムで、土壌の化学性を高める効果がある。ただし、カルシウム過多にならないよう注意が必要。殻の内側についている半透膜（タンパク質）も土壌によい影響を与える可能性があると感じた。
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EC値は水溶性肥料濃度の指標であり、高すぎると植物が吸水できず枯れる。JAは0.6～0.8S/mから警戒、1.0S/m以上で対策が必要としている。しかし、乾燥した石灰過剰の畑でEC値がほぼ0だった事例から、EC測定は水に溶けているイオンを測るため、乾燥土壌では正確な値を得にくいことがわかる。お茶のような液体は測定しやすいが、固形土壌は測定しにくい。測定対象を明確にしてデータ活用すべきであり、栽培は科学的なアプローチが重要。
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京都農販の人が土壌ECメーターで「お～いお茶」のEC値を測定したら0.6S/mだった。これは土壌の適正値0.2～0.4S/mより高く、肥料濃度の指標となるEC値の高さに驚いたというエピソード。EC値とは電気伝導率のことで、水中のイオン濃度が高いほど値も高くなる。土壌では残留肥料の指標となり、高すぎると石灰が溜まるなど問題が生じるため、管理が必要である。
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土壌分析でリン酸値が高い場合、次作の生育に悪影響が出る可能性があるため注意が必要です。リン酸過剰は、鉄や亜鉛などの微量要素の吸収阻害を引き起こし、生育不良や奇形につながる可能性があります。また、リン酸過多は水質汚染にも繋がり、環境問題を引き起こす可能性も。対策としては、リン酸吸収量の少ない作物の選定、リン酸肥料の施用量削減が有効です。土壌pHの調整も重要で、適切なpH範囲を維持することでリン酸固定を抑制し、過剰吸収を防ぎます。さらに、堆肥などの有機物施用は、土壌のリン酸保持力を高め、過剰なリン酸の流出を抑制する効果が期待できます。土壌分析の結果を適切に解釈し、次作の栽培計画に反映させることで、健全な生育と環境保全を両立させることが重要です。
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味付け海苔などに入っている乾燥剤は生石灰（酸化カルシウムCaO）である。生石灰は水と反応すると発熱し、消石灰（水酸化カルシウムCa(OH)₂）に変化する。つまり、CaO + H₂O → Ca(OH)₂ の反応式で表されるように、生石灰は水分子を吸収する性質を持つため、乾燥剤として利用される。
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米ぬかボカシを施肥すると、土壌中で様々な効果を発揮する。含まれる有機酸塩は速効性肥料として働き、植物にカルシウムやマグネシウムを供給する。さらに、有機酸は土壌中の難溶性リン酸を溶かし、植物に吸収されやすい形にする。ボカシに含まれる微生物は土壌微生物相を豊かにし、植物の生育を促進。デンプンやタンパク質、ビタミンなどの栄養成分も供給される。結果として、根の張りが良くなり、病害抵抗性も向上。生育が促進され、収量や品質の向上につながる。また、土壌構造も改善され、保水性や通気性が向上する効果も期待できる。
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米ぬかボカシを作る際、嫌気発酵が必須であり、密封と適切な水分量が重要です。水分過多だとタンパク質が分解されアンモニアが発生し、有機酸の利点を損ないます。また、密封が不完全だと酸素が入り込み、好気分解により水が生成され、これもアンモニア発生につながります。成功すれば有機酸が豊富になり甘い香りがしますが、失敗するとアンモニア臭が強くなります。適切な水分量と密封により、ピルビン酸や乳酸などの有機酸が豊富に含まれた良質なボカシ肥料を作ることができます。
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米ぬかボカシを作る際、好気発酵と嫌気発酵どちらが良いかという議論があるが、ボカシの特質上、嫌気発酵が適している。ボカシはデンプンを多く含む米ぬかを使用するため、そのまま施肥すると土壌でカビが発生し窒素飢餓を引き起こす。そこで、デンプンを植物が利用しやすい形に変換する必要がある。デンプンは加水分解によりブドウ糖に分解されるが、この反応は好気・嫌気どちらでも起こる。重要なのはブドウ糖の分解過程で、好気条件下では水と二酸化炭素に分解されてしまい肥料としての価値が失われる。一方、嫌気条件下では有機酸に変換され、窒素飢餓を防ぎ、土壌にも有益な効果をもたらす。そのため、米ぬかボカシ作りには嫌気発酵が最適と言える。
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酸素供給剤は過酸化カルシウム(CaO₂)を主成分とし、水と反応して過酸化水素(H₂O₂)を発生させる。土壌中のカタラーゼが過酸化水素を分解し、酸素(O₂)を供給することで根張りを促進する。マルチ栽培などで酸素不足になりやすい土壌に有効で、散水時に酸素供給剤を溶かすことで根への酸素供給を促す。副産物として消石灰(Ca(OH)₂)が生じ土壌pHが上昇するため、事前の石灰施用量には注意が必要。過酸化水素はキノコの難分解有機物分解にも利用されるため、木質資材が多い土壌では分解促進効果も期待できる。
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キサントフィルはカロテノイドの一種で、黄橙色の天然色素。光合成において光防護の役割を担い、植物や藻類、一部の菌類や細菌に存在する。動物は自身で合成できないため、食物から摂取する。代表的なキサントフィルには、ルテイン、ゼアキサンチン、β-クリプトキサンチン、アスタキサンチンなどがある。ルテインとゼアキサンチンは目の黄斑部に蓄積し、加齢黄斑変性症の予防効果が期待されている。β-クリプトキサンチンは骨粗鬆症予防との関連が研究されている。アスタキサンチンはサケやエビ、カニなどに含まれ、強力な抗酸化作用を持つ。卵黄の色は、鶏の飼料に含まれるキサントフィルの種類と量に影響される。かつてはカニ殻が利用されていたが、アレルギー誘発の可能性から、現在ではカボチャやパプリカ由来の色素が用いられることが多い。
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タデ科植物の根から分泌されるシュウ酸の土壌還元作用について考察している。シュウ酸は酸化鉄(Ⅲ)と反応しシュウ酸鉄(Ⅲ)を生成する。この反応で鉄イオンは還元される。さらに、シュウ酸鉄(Ⅲ)は光分解によりシュウ酸鉄(Ⅱ)となり、鉄イオンはさらに還元される。つまり、シュウ酸は鉄イオンに電子を与え、還元剤として作用すると言える。この還元作用が土壌環境に影響を与えている可能性を示唆し、更なる考察の必要性を述べている。
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メトヘモグロビン血症（ブルーベビー症候群）は、硝酸態窒素の過剰摂取で乳幼児が酸欠状態になる症状です。通常、ヘモグロビン中の二価鉄が酸素を運搬しますが、硝酸態窒素が亜硝酸に変化し、この鉄を酸化して三価鉄に変えてしまいます。三価鉄を含むメトヘモグロビンは酸素を運べないため、増加すると酸欠を引き起こします。野菜にも硝酸態窒素は含まれますが、重篤な状態になることは稀です。しかし、ヘモグロビンの変化による酸素運搬ロスは無視できないため、硝酸態窒素の過剰摂取は避けるべきです。
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植物は吸収した硝酸態窒素(NO₃⁻)を葉でアンモニウムイオン(NH₄⁺)に還元し、アミノ基(-NH₂)として利用する。このアミノ基は光合成で生成されたケトグルタル酸と結合し、グルタミン酸などのアミノ酸を合成する材料となる。つまり、硝酸態窒素はアミノ酸合成を通してタンパク質などの生体物質を作るのに必要だが、光合成が活発に行われていないと利用されない。
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植物性有機肥料で育てた葉物野菜に苦味がないのは、硝酸態窒素が少ないためと考えられる。硝酸態窒素とは、硝酸カリウム等の硝酸塩の形態の窒素のこと。肥料の窒素は、アンモニア態、硝酸態、有機態に大別される。硝酸態窒素が多いと苦味を感じる理由として、硝酸の酸化作用が挙げられる。硝酸は強い酸化剤であり、体内に取り込まれると様々な問題を引き起こす可能性があるため、苦味として感知し、摂取を避ける生物的な反応が生じると考えられる。
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植物の根は様々な有機酸を土壌へ分泌し、栄養吸収を促進する。主要な有機酸として、クエン酸、リンゴ酸、シュウ酸などが挙げられる。これらの有機酸は、難溶性のリン酸塩や鉄、アルミニウムと錯体を形成し可溶化することで、植物による吸収を可能にする。また、根圏のpHを変化させ、養分の可溶性を調整する役割も持つ。分泌される有機酸の種類と量は植物種や生育環境によって異なり、土壌中の微生物相にも影響を与える。有機酸の分泌は、植物の養分獲得戦略において重要な役割を果たしている。
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酸は水素イオン(H+)を放出し、金属と反応する。金属の電子を奪う水素イオンは酸化剤として働き、電子を失った金属は酸化されてイオン化する。例えば、鉄と塩酸の反応では、鉄は電子を奪われ鉄イオン(Fe2+)になり、水素イオンは電子を受け取って水素ガス(H2)となる。鉄イオンは塩酸中の塩化物イオン(Cl-)と結合し、塩化鉄(FeCl2)を生成する。この反応は、硫化水素(H2S)と鉄の反応にも見られる。硫化水素も酸性を示し、鉄から電子を奪い硫化鉄を生成する。肥料のpHは土壌への影響を及ぼすため、NPKだけでなく酸性度にも注意が必要である。生理的酸性肥料や肥料成分偽装の問題も、土壌の酸性化に繋がる可能性があるため、理解しておくことが重要。
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酸の強さは水素イオン(H⁺)の放出のしやすさで決まり、酸解離定数pKaの値が小さいほど強酸となる。放出されにくい炭酸は弱酸、塩酸は強酸に分類される。陰イオンの種類によってH⁺を引っ張る強さが変わり、酸の強さに影響する。例えば、硫酸(pKa=-3)は硝酸(pKa=-1.4)より強く、どちらも炭酸(pKa=6)より強い。酸解離定数は土壌中の反応を理解する上で重要で、例えば根酸が炭酸塩を溶かす現象や、硫酸苦土肥料の土壌への影響を説明する際に役立つ。
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生理的塩基性肥料は、弱酸と強塩基の塩で、土壌のpHを上げる。代表例は炭酸石灰(カルシウム)で、水に難溶性だが、水と反応すると水酸化カルシウムと炭酸を生じる。炭酸は水と二酸化炭素に分解され、土壌に残った水酸化カルシウムがpHを上昇させる。肥料の効果は水溶性やその後の反応に影響されるため、硫安や炭酸カルシウムのように、肥料成分だけでなくpHへの影響も考慮する必要がある。pHの極端な変動はアルミニウム障害やカリウム欠乏などを引き起こし、収量に悪影響を与えるため、NPKだけでなく適切なpH管理が重要。
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硫酸アンモニウムが生理的酸性肥料である理由は、アンモニウムイオンの植物吸収と土壌反応にある。アンモニウムイオン(NH₄⁺)が植物に吸収されると、残った硫酸イオン(SO₄²⁻)が土壌中で反応し、水素イオンを放出することで土壌を酸性化させる。一方で、アンモニウムイオンは土壌のCECにも吸着し、その際に水素イオンを遊離させることで酸性化に寄与する可能性も示唆されている。単純な強酸と弱塩基の塩だから酸性という説明だけでなく、植物の吸収と土壌反応、CECとの相互作用も土壌酸性化に関わっている。
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キレート作用とは、EDTAのような物質が金属イオンを挟み込むように結合する現象である。実験では、ミネラルの影響を受けやすい酵素反応において、EDTAを添加することでミネラルを捕捉し、影響を抑制する目的で利用される。同様に、植物も根からキレート物質を分泌し、ミネラルを吸収しやすくしている。フィチン酸も強いキレート作用を持つが、栄養吸収の阻害となるため、フィターゼ酵素によってキレート部分を分解することでリン酸の利用を可能にしている。
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硫安は水溶性のため即効性があるが、尿素は有機化合物のため土壌中のウレアーゼによる分解が必要で、肥効発現まで時間を要する。硫安は水に溶けると即イオン化するのに対し、尿素は酵素反応を経てアンモニアを生成し、アンモニウムイオンとなる。土壌の状態により分解速度は変わるが、尿素の肥効は硫安より遅い。ただし、尿素のモル質量は硫安の約半分なので、施肥量は半分で済む。
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アンモニアは即効性のある窒素肥料で、タンパク質の分解過程で生成される。タンパク質がアミノ酸に分解され、さらにアミノ酸が酸化的脱アミノ反応を受けるとアンモニア（アンモニウムイオン）が発生する。グルタミン酸の酸化的脱アミノ反応はその一例である。タンパク質は植物の光合成産物であるため、アンモニアは太陽光由来のエネルギーの最終的な形とも言える。
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アンモニア酸化細菌がアンモニアを亜硝酸に酸化し、さらに亜硝酸酸化細菌が亜硝酸を硝酸に酸化する一連の反応を硝化作用という。生物は物質を酸化し電子を得ることでエネルギーを産生する。アンモニア酸化でも細菌は電子を得て活動しており、有機物の分解によるエネルギー産生は酸化的リン酸化と呼ばれる。生物は電子を欲しがるため、還元されたアンモニアは誰が作ったのかという疑問が生じる。
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アンモニア臭の消臭方法として、酸化に着目。プロピオン酸のように塩にするのではなく、アンモニア酸化細菌の反応を参考に、アンモニアを酸化することで硝酸に変える方法を検討。アンモニアは酸化によってヒドロキシルアミン、さらに亜硝酸へと変化する。この過程で電子が放出されるため、酸化反応が成立。アンモニアが別の物質に変化することで臭いも軽減される。結論として、悪臭物質を酸素に晒すと酸化によって臭いが消える可能性がある。
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塩（えん）とは、酸由来の陰イオンと塩基由来の陽イオンがイオン結合した物質である。例えば、塩酸(HCl)と水酸化ナトリウム(NaOH)が反応すると、水(H₂O)と塩化ナトリウム(NaCl)が生成される。ここで、塩酸由来の陰イオンCl⁻と水酸化ナトリウム由来の陽イオンNa⁺が結合した塩化ナトリウムが「塩（えん）」に該当する。同様に、硫酸アンモニウムと水酸化カルシウムから生成される硫酸カルシウム(CaSO₄)も塩（えん）である。硫酸アンモニウム由来の硫酸イオン(SO₄²⁻)と水酸化カルシウム由来のカルシウムイオン(Ca²⁺)が結合しているためだ。有機無機に関わらず、農業において塩は重要な役割を果たす。