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糞生菌は、動物の糞に生育する菌類で、主に草食動物の糞に見られる。ヒトヨタケ科など多くの種が存在するが、必ずしも科全体が糞生菌というわけではない。腐生菌である種も含まれる。糞生菌は、糞の中に含まれる未消化の植物組織や、排泄物中の窒素化合物などを栄養源としている。多くの糞生菌は、草に付着しており、動物が草を食べる際に体内に取り込まれ、糞と共に排出されることで生活環を完結させる。肥育牛の糞には、飼料や水分量の関係で菌が少ない場合もある。