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有馬温泉は、プレートテクトニクスにより海洋プレートが陸のプレート下に沈み込む際に、海水も一緒に地下深くへ引きずり込まれることで形成される「化石海水型」温泉。地下深くで熱せられた海水は「亜臨界」流体となり、石英流紋岩脈に沿って上昇し、様々な成分を溶かし込みながら湧出する。海から遠い山間部に高濃度の塩分を含む温泉が存在するのは、この壮大な地質学的メカニズムによるもので、「化石」の名は、それが非常に長い時間をかけて形成されたことを示唆している。