植物のミカタ

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土壌中の有機態リン酸であるフィチン酸は、過剰に蓄積すると植物の生育を阻害する可能性がある。しかし、既存の土壌分析では測定されていない。フィチン酸の測定は、食品分析の分野では吸光光度法やイオンクロマトグラフィーを用いて行われている。土壌中のフィチン酸測定には、アルミナ鉱物との結合を切る必要はあるものの、技術的には不可能ではない。にもかかわらず、土壌分析の項目に含まれていないのは、認識不足や需要の低さが原因と考えられる。

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ChromebookでPythonの数学ライブラリNumPyと可視化ライブラリmatplotlibの動作検証を行いました。ASUS Chromebook Detachable CM3で、Linux環境を利用し、`sudo apt install`コマンドで必要なパッケージをインストールしました。TkinterのGUI表示、及び以前作成したmatplotlibを使ったコードの実行に成功。Windows10のWSL2環境ではGUI表示ができなかった一方で、Chromebookでは問題なく動作しました。今後はデータサイエンス向けプラットフォームAnacondaのChromebookでの動作検証も検討しています。

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PHPで単方向連結リストを実装する方法を解説しています。連結リストは、各要素（ノード）がデータと次のノードへのポインタを持つデータ構造です。記事では、ノードクラスと、リストの末尾にノードを追加する`_add`関数を定義しています。例として、木の名前をリストに追加し、図で構造を可視化しています。C言語と異なりPHPでは配列の恩恵が大きいため連結リストのメリットは少ないものの、ハッシュテーブルの衝突回避策として重要であると述べ、最後に双方向連結リストではprevプロパティで前のノードも保持すると補足しています。

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イネの生育過程で、古い葉は養分を新しい葉に送り枯れる。この養分転流には、古い葉でのオートファジーと新しい葉でのサイトカイニン蓄積が重要だ。オートファジーはタンパク質などを運搬しやすいアミノ酸や糖に変換する。サイトカイニンは養分を引き寄せる作用があり、新しい葉に蓄積することで、古い葉からアミノ酸や糖が移動する。成長盛んな葉のサイトカイニン濃度が高く、古い葉で低い状態が、効率的な養分転流を促す。

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画像データが容量の大部分を占めるサイト運営において、さくらのVPS 1Gプランのストレージ容量が逼迫し、バックアップ時の負荷でサイト表示に不調が生じていたため、追加ストレージ(NFS)の導入手順を解説。 まず、VPSコントロールパネルでスイッチを作成し、アプリケーションサーバとNFSのネットワークインターフェースに紐づける。次に、追加ストレージ(NFS)を契約し、IPアドレスとネットマスクを設定、同じくスイッチを紐づける。 その後、SSHでアプリケーションサーバに接続し、マウントポイントを作成、ネットワークインターフェースを設定、NFSをマウントするコマンドを実行。最終的に、再起動後も自動マウントされるようcrontabを設定する。 記事ではUbuntu 18.04.2での手順を記述。また、SOY CMSでNFSを利用するためのプラグイン開発中であり、問い合わせフォームへのリンクを掲載している。

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Web Audio APIのAnalyzerNodeを用いて、音声でアニメーションを制御する方法を紹介しています。 円が画面端で跳ね返る単純なアニメーションに、音声の周波数データ解析を組み込みました。 周波数データが一定閾値を超えると、円の進行方向がランダムに変化します。 音が途切れてもデータが残るため、setTimeoutを用いて一定時間反応しないように制御しています。 具体的には、`analyser.getByteFrequencyData(data)`で周波数データを取得し、`data[20]`の値が閾値を超えた場合に円の移動方向を反転させています。

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BiquadFilterNodeは、2次セクションを持つデジタルフィルターで、オーディオ信号の変更に使用されます。`type`プロパティでフィルターの種類を指定し、`frequency`でカットオフ周波数または中心周波数を設定します。`Q`プロパティはフィルターの帯域幅を制御します。`gain`は特定のフィルタータイプでのみ使用されます。主なフィルタータイプは、ローパス、ハイパス、バンドパス、バンドストップ、ローシェルフ、ハイシェルフ、ノッチ、オールパスです。ローパスは指定周波数以下の周波数を通過させ、ハイパスは指定周波数以上の周波数を通過させます。バンドパスは特定の周波数帯域を通過させ、バンドストップはその帯域を減衰させます。シェルフフィルターは特定の周波数以上または以下のゲインを調整し、ノッチフィルターは特定の周波数を除去します。オールパスフィルターはすべての周波数を通過させますが、位相を変化させます。

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Web Audio APIを用いてマイク入力の音声の周波数を可視化するJavaScriptコード例を紹介している。AnalyzerNodeでFFTを行い、得られた周波数データをcanvasにグラフとして描画する。コードでは、マイクへのアクセス、AudioContextとAnalyserNodeの作成、周波数データの取得と描画処理を解説。実行すると音声入力に応じてリアルタイムに周波数グラフが変化するが、ハウリングが発生しやすい点についても言及している。

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この記事は、JavaScriptで音の周波数を可視化する方法を学ぶための導入部分です。音のデジタル化に不可欠なフーリエ変換の概念を、三角関数のグラフを用いて分かりやすく解説しています。sin波、cos波、そしてそれらの合成波のグラフを示し、複雑な波形も三角関数の組み合わせで表現できることを説明。式の係数を配列データとして取り出すことで、音をデジタルデータとして扱えるようになることを示しています。最後に、高速フーリエ変換(FFT)に触れ、次回JavaScriptでの実装を示唆しています。記事には、HTML5 Canvasを使ったsin波を描画するコード例も掲載されています。

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米の美味しさの鍵は、炊飯時の糊化、特にデンプンの断片化にあります。 白米の浸水時に胚乳にクラック（ひび割れ）が生じ、そこから水が浸入し糊化が始まります。クラックが多いほど糊化が進み、甘みが増すと考えられます。 美味しさはクラックの発生しやすさだけでなく、クラック後にアミラーゼがどれだけ活発に働くか、つまり胚乳内に含まれるアミラーゼの量に依存します。アミラーゼはタンパク質なので、胚乳形成時にどれだけアミノ酸が分配されたかが重要です。アミノ酸の種類によっては吸水力に影響し、クラックの発生や炊き上がり後のご飯粒が立つ現象にも関与している可能性があります。 ultimately、光合成を促進しアミノ酸合成を活発にする健全な栽培が美味しい米作りに繋がります。

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米の美味しさは、デンプンの量よりデンプン分解酵素アミラーゼの効率性に依存する。アミラーゼはタンパク質と補酵素（カルシウムイオン）から成るが、カルシウムは土壌に豊富なので、米の美味しさへの直接的影響は少ないと考えられる。 米は炊飯時に糊化（アルファ化）し、デンプンの水素結合が切れ、酵素が分解しやすくなる。 糊化が進むほど、唾液中の酵素で糖に分解されやすくなり、甘みが増す。 記事では、米の美味しさの鍵となるアミラーゼの効率性、関連する酵素、タンパク質、アミノ酸、補酵素について解説し、糊化に関する論文を紹介している。

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長野県栄村小滝集落産の極上米「コタキホワイト」を食した著者は、炊き上がった米粒の輝きと美味しさの関連性について考察する。粒の光沢は、表面の傷が少ないこと、そしてデンプンが水を吸って張りを出すことによるのではないかと推測。収穫機械の性能や米とぎの影響を考慮し、米粒自身の性質、特にデンプンの吸水性に注目する。デンプン量と食味の関係、地質や栽培技術との関連にも触れ、最終的に「米飯粒内の糊化進行過程の可視化」という論文に辿り着き、更なる考察を次回に持ち越す。

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D3.jsを3系から4系にバージョンアップして折れ線グラフを作成した際の変更点についての記事です。4系ではscale関連の記述方法が変わり、`d3.scale.linear()`が`d3.scaleLinear()`に、`d3.scale.ordinal().rangePoints()`が`d3.scalePoint()`に変更されました。特に`scalePoint()`を見つけるのに苦労したようです。また、`d3.axis.svg.axis()`が`d3.axisBottom()`のようにシンプルになりました。これらの変更点に苦労しつつも、無事にグラフ作成できたことが記述されています。

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ロゼット状の葉の重なりを最小限にする植物の工夫に感嘆する筆者。葉は角度や捻りだけでなく、葉面積自体を小さくすることで重なりを減らし、光合成効率を高めている。また、葉を食害されるリスクを考慮し、新しい葉はゆっくり伸長するのではなく、素早く展開することで被害を最小限に抑えている。さらに、同じ場所に複数株存在する可能性にも触れ、植物の生存戦略の巧みさを改めて強調している。

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納豆菌が生成するナットウキナーゼは、ヒトの血栓を溶解する効果があり、同時に含まれるビタミンK2が過剰な溶解を抑制する。これは、納豆菌が周囲のタンパク質を分解するためにナットウキナーゼを合成し、ポリグルタミン酸生成に必要なグルタミン酸を得ているためだと推測される。非殺虫性のBT菌も同様に、特定の物質を分解するために酵素を合成している可能性が考えられる。つまり、これらの菌が生成する酵素は、人間に有益な効果をもたらすが、本来は菌自身の生存戦略の一環として機能していると考えられる。

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不調の畑の土壌を観察したところ、粘土のように固く締まった部分が目立った。しかし、よく見ると、以前草の太い根があった場所は、周囲と比べて隙間が多く、柔らかな土壌になっていた。これは、根が土壌に酸素を供給し、土壌粒子間の結合を弱めることで、土壌を柔らかくする効果を示している。つまり、根の存在が土壌構造に大きな影響を与え、通気性や水はけを改善する役割を果たしていることを可視化できた。この観察は、「最初はとりあえず空気に当てとけって」と「自分たちの未来は自分たちで決める」という記事の内容にも関連しており、土壌改良には酸素供給と植物の根の働きが重要であることを示唆している。