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水無瀬神宮の「離宮の水」は、大阪で唯一の名水百選に選ばれた中硬水である。古くから茶の湯や生活用水に使われ、水無瀬離宮の庭園にも利用されてきた。環境省のサイトによると、水温は年間を通して14～16℃で安定しており、豊富な水量を誇る。水質はカルシウムやマグネシウムの含有量が多く、硬度はおよそ100～150mg/L。後醍醐天皇ゆかりの水無瀬神宮の手水舎で自由に飲むことができ、まろやかな口当たりとわずかな苦味が特徴。周辺は水源涵養林として保護され、豊かな自然環境が水質を守っている。
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滋賀県米原市の醒ヶ井宿は、名水百選「居醒の清水」で有名な湧水地。この清冽な水で育つ梅花藻は、水温15℃前後の澄んだ湧水を好む希少種。湧水周辺の地質は玄武岩質やチャートの付加体だが、近隣の霊仙山は石灰岩のカルスト地形を形成している。梅花藻の生育には、安定した水温に加え、玄武岩や石灰岩の成分も影響している可能性がある。醒井渓谷など更なる調査が必要。
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京都・伏見の御香宮神社は、名水百選に選ばれた「御香水」を擁する。境内には水質維持装置も設置されている。神社周辺は都市部に位置し、かつてほど水質は良くないかもしれないが、伏見の酒造りが発展した根源であることは確か。地質は山からの土砂が堆積した地域で、付近の山はチャートを含む付加体から成る。境内の敷石にも多くのチャートが見られる。御香水の詳しい水源は不明。
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天川村洞川の「ごろごろ水」は、石灰岩地質を由来とする名水である。湧水付近には鍾乳洞とスカルン鉱床が存在し、石灰岩由来のミネラルと適度な硬度を水に与えていると考えられる。さらに、標高の高さから有機物の分解が遅く、湧水までの過程でろ過され、純度の高い水となる。美味しい水には、有用ミネラル濃度、適度な硬度、低有機物濃度が重要だが、ごろごろ水はこれらの条件を奇跡的なバランスで満たしている。名水百選に選ばれているものの、このような条件は稀であり、名水には未解明の要素や多くの知見が隠されている可能性がある。この地の土壌や水質での栽培は難しそうである。