植物のミカタ

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タンパク質の三次構造形成には水素結合が関与する。水素結合は電気陰性度の差により極性を持った分子同士の結合である。アミノ酸の中にもアスパラギンやセリンのように極性を持つものがあり、これらが水素結合を形成する。例えば、アスパラギンの側鎖の酸素(δ-)とセリンの側鎖の水素(δ+)の間で水素結合が生じる。このように、アミノ酸の側鎖だけでなく、ペプチド結合などタンパク質中の様々な部位で水素結合は形成され、構造安定化に寄与する。

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水素結合は、電気陰性度の高い原子（例：酸素）と共有結合した水素原子が、別の電気陰性度の高い原子と弱く引き合う結合である。水分子の酸素は水素の電子を引き寄せ、酸素はわずかに負（δ-）、水素はわずかに正（δ+）の電荷を帯びる。この極性により、水分子間で酸素と水素が引き合い、水素結合が形成される。水素結合は比較的弱いが、水の高い沸点のように、物質の性質に大きな影響を与える。タンパク質においても、三次構造の形成に重要な役割を果たす。

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イヌムギの花は春中旬頃に開花し、葉には特徴的なねじれがある。このねじれは、葉の表裏に葉緑体が均等に分布している原始的な葉の特徴で、他の草よりも早く成長できる要因となっていると考えられる。ねじれにより葉緑体の量が増えることで、より効率的に光合成を行い、成長を促進している可能性がある。

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フタバアオイはウマノスズクサ科の多年草で、ハート型の葉を2枚つける。京都の賀茂神社の神紋として知られ、葵祭に用いられる。花は葉の下に隠れ、目立たない暗紫色の壺型で、萼片が3枚合着している。開花時期は4-5月。アリによって花粉が媒介されると考えられている。徳川家の紋所である「三つ葉葵」は、フタバアオイではなくウマノスズクサ科のカンアオイの仲間を図案化したもの。

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桜の時期が過ぎると、京都の松尾大社ではヤマブキが見頃を迎える。境内は八重咲きのヤマブキでいっぱいだが、奥の庭には珍しいシロヤマブキが自生している。シロヤマブキの花弁は4枚で、白い。ヤマブキはバラ科だが、4枚の花弁は珍しい。なぜシロヤマブキは4枚の花弁で安定しているのか、進化の過程は謎めいている。

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ヤマブキの八重咲きは、一見美しく華やかだが、実は実をつけない。これは、雄しべが花弁に変化した結果、受粉できないためである。一方、一重のヤマブキは雄しべと雌しべを持ち、実をつけることができる。八重咲きのヤマブキは、挿し木などで増やす必要がある。記事では、関山と思われる八重桜も同様に、花が花柄ごと落ちている様子が観察されている。花弁が一枚ずつ舞い散る桜吹雪とは異なる散り方だが、これも美しいと感じる人もいるだろう。しかし、花柄ごと落ちると実をつける部分が損なわれ、子孫を残せない。ただし、八重桜もヤマブキ同様、雄しべが花弁に変化しているため、そもそも実をつけない可能性が高い。

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蕎麦殻に含まれるジスルフィド結合切断後のシステイン分解に着目し、有効資材探索の手がかりを探っている。システイン分解過程ではピルビン酸が生成され、同時に硫化水素やアンモニアといった臭気成分も発生する。このことから、硫黄含有量の高いタンパク質は分解時に臭気を発しやすいと推測される。現状では蕎麦殻に有効な資材は不明だが、システイン分解経路の理解が今後の探索に繋がる可能性を示唆している。

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籾殻は水を弾くため分解しにくく、堆肥化が難しい。しかし、燻炭にしたり、適切な水分と圧力を加えることで分解を促進できる。籾殻は水を弾き、微生物分解が阻害される。しかし、適度な塊になると内部の水分蒸散が抑えられ、菌糸が繁殖しやすくなる。菌糸により撥水性が失われ、土壌への馴染みが向上する。つまり、籾殻の堆肥化には、水分と圧力を適切に管理することが重要となる。

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Windows7にPHP7をインストールする方法を解説。PHP7をダウンロード・展開後、C:\php7に配置。Apacheの設定ファイル(httpd.conf)を編集し、PHPモジュールを読み込む設定や、index.phpをDirectoryIndexに追加。PHPの設定ファイル(php.ini)で必要な拡張モジュールを有効化し、タイムゾーンを東京に設定。Apacheを再起動後、phpinfo()を表示するinfo.phpを作成し、ブラウザで確認することでインストール完了となる。

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楽天市場の商品登録作業効率化のため、PHPによるローカル検証環境構築を目指し、複数PCへのインストール手順を記録している。今回はApache2.4のインストール方法を紹介。まずPCが64ビットか確認後、Apache動作に必要なVisual C++再頒布可能パッケージをインストールする。次にApacheの64ビット最新版をダウンロード、解凍し、Apache24フォルダをCドライブ直下に配置。httpd.confのServerNameをlocalhost:80に修正する。Windows環境変数のPathにC:\Apache24\bin;を追加し、コマンドプロンプトでhttpd -k startを実行。ブラウザでhttp://localhostにアクセスし"It Works!"が表示されればApacheのインストールは完了。次回はPHPのインストールについて。

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普賢象という桜を観察した著者は、葉化した雌しべが象の鼻に見えるという由来に疑問を抱いた。緑色の雌しべを写真で確認するも、鼻には見えづらく、命名者の想像力に感嘆する。他の桜の雌しべと比較し、普賢象の雌しべが緑色であることを再確認。葉化とは雌しべの箇所に葉が生えるのではなく、雌しべ自体が葉緑素を持つ変異であることを理解し、その珍しさに感銘を受けた。

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外部からのSSHログインを安全にするため、鍵認証を設定する方法を解説。新規アカウント(hoge)作成後、ssh-keygenで鍵ペアを生成し、公開鍵をサーバにコピー、authorized_keysにリネーム、パーミッション変更。その後、/etc/ssh/sshd_configでPasswordAuthenticationをnoに変更し、sshdを再起動することでパスワード認証を無効化。WindowsではPuTTYgenを使用。無線LANのセキュリティ確認も重要。

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蕎麦アレルギー原因物質Fag e 2の酵素分解耐性は、多数のジスルフィド結合に起因する。ジスルフィド結合切断には、ジチオトレイオール等の還元剤が用いられ、S-S結合に電子を与え還元的に切断する。還元剤は有機物分解により電子を得るため、この過程はエネルギーを消費する。Fag e 2はジスルフィド結合が多く、分解に多くの糖が必要となる可能性が示唆される。このため、蕎麦殻の迅速な土壌還元には、Fag e 2の効率的な分解方法の確立が課題となる。

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Sambaサーバに外部からSSH接続できるよう設定した手順の記録。まずSambaサーバにSSHをインストールし、プライベートIPアドレス(192.168.11.8)を設定、ルーターのIPアドレスをゲートウェイに設定した。次に外部からのSSH接続のため、rootログインを禁止し、無線LANルーターでポートフォワーディング(外部ポート71823→内部ポート22)を設定。外部IPアドレス(例：127.0.0.1)へポート71823を指定してSSH接続を確認した。パスワード認証はセキュリティ的に不安なので、次回は鍵認証を設定予定。

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タンパク質はアミノ酸がペプチド結合で連なったポリペプチドが折りたたまれて機能を持つ。この折りたたみを安定させる結合の一つにジスルフィド結合がある。これは、アミノ酸のシステイン同士が持つチオール基（SH）が酸化反応により硫黄間で共有結合したもので、他の結合より強固で熱にも強い。ジスルフィド結合が多いほどタンパク質は分解されにくくなる。人体では毛や爪に多く含まれ、分解されにくい性質を説明している。

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京都の白川疎水沿いの桜の老木は、幹が朽ちて空洞化していた。しかし、その内部から新しい枝が芽生え、花を咲かせていた。この枝は老木自身から発生したもので、いずれ大きく成長するだろう。やがて、この新しい枝が老木の幹を破り、本体となる日が来るのだろうか？木の世代交代は、このように内側から外側を破るような形で行われるのだろうか？という疑問が湧いた。

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タンパク質はアミノ酸がペプチド結合で連なったもので、ペプチド結合はアミノ酸のアミノ基とカルボキシル基が脱水縮合することで形成される。この結合は加水分解で切断できる。しかし、蕎麦アレルゲンFag e 2は酵素分解されにくい。これはペプチド結合以外の結合、例えばジスルフィド結合などがタンパク質の構造を安定化させているためと考えられる。ジスルフィド結合の理解は、蕎麦殻の有効活用につながる可能性がある。

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ソメイヨシノが終わっても、桜の季節は終わらない。桜漬けに使われる関山や、多数の花弁を持つ菊桜など、これから咲く品種もある。京都府立植物園ではサトザクラ展が開催され、様々な桜の品種を観賞できる。三角フラスコに挿し木された桜はマニアックだが、品種改良の歴史を垣間見ることができる。ウワミズザクラ、緑の花弁を持つ鬱金と御衣黄など珍しい品種も展示されている。ソメイヨシノだけで桜の季節を判断するのはもったいない。植物園を訪れれば、まだまだ楽しめる桜の Vielfalt を発見できる。

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ジスルフィド結合は、2つのシステイン残基のチオール基が酸化されて形成される共有結合で、タンパク質の三次構造の安定化に重要な役割を果たす。ジスルフィド結合は、タンパク質のフォールディング、安定性、機能に影響を与える。細胞質ゾルのような還元環境ではジスルフィド結合は形成されにくいが、小胞体のような酸化環境では形成されやすい。ジスルフィド結合は、酸化還元反応によって切断・再形成されるため、レドックスシグナル伝達にも関与する。ソバアレルゲンFag e 2はジスルフィド結合を多く含むため、消化酵素による分解が困難で、アレルギー反応を引き起こしやすいと考えられている。

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蕎麦殻アレルギーは、殻に残留するそばアレルゲンタンパク質、特にFag e 2が原因である。Fag e 2は2Sアルブミンファミリーに属する種子貯蔵タンパク質で、水溶性が高い。本来は発芽時に利用されるアミノ酸貯蔵タンパクだが、蕎麦殻に残存しているとアレルギー反応を引き起こす。このため、蕎麦殻を堆肥に利用する場合、Fag e 2の残留が堆肥化プロセスに影響を与える可能性があり、高い水溶性も効果に繋がる可能性がある。

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九州の平飼い卵「つまんでご卵」は、梱包材に蕎麦殻を使用している。蕎麦殻は優れたクッション性で卵を保護し、かつては枕の中身としても重宝された。滑らかで変形しやすく、温度調節機能にも優れているため、蕎麦殻枕の愛用者は多い。しかし、蕎麦粉によるアレルギーの問題から需要が減少し、現在は農業利用（堆肥・飼料）が検討されている。蕎麦殻の新たな活用法に期待が高まる。

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Go製WebアプリをHTTP/2で運用するために、Let's EncryptでSSL証明書を取得した。取得手順は、letsencryptコマンドで証明書を作成し、Goのコードに証明書のパスを指定するだけ。`http.ListenAndServe`を`http.ListenAndServeTLS`に変更し、fullchain.pemとprivkey.pemのパスを設定することでHTTPS化。証明書取得後、サイトはHTTP/2で動作するようになった。

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さくらVPS上のApache2.4でSSL証明書を設定する方法を解説した記事です。opensslを用いて秘密鍵とCSRを作成し、認証局に提出、発行された証明書と中間CA証明書を所定のディレクトリに配置、Apacheの設定ファイルを編集してSSLを有効化します。設定ファイルでは、証明書ファイル、秘密鍵ファイル、中間CA証明書のパスを指定します。最後にApacheを再起動し、httpsでアクセスしてSSL設定を確認します。記事ではLet's Encryptを使った簡便な設定方法への言及もあります。

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お名前.comドメインをさくらVPSとさくらのメールボックスに適用する方法。共有サーバーからVPSへの移行に伴い、メールサーバーは共有サーバーを継続利用するため、ドメインを両方に割り当てる必要がある。お名前.comのDNSレコード設定で、AレコードにVPSのIPアドレス、MXレコードに共有サーバーのメールサーバーのドメインを設定する。MXレコードにはIPアドレスではなくドメインを指定する点が重要。設定後、MX lookupサービスで確認し、さくらの共有サーバーのコントロールパネルでドメインを追加する。Aレコードの反映には時間がかかる場合がある。

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無機肥料の水への溶けやすさは、根の部分の酸の強さ(pKa値)で決まり、値が小さいほど溶けやすい。硫酸＞硝酸＞クエン酸＞炭酸の順。しかしCa²⁺やMg²⁺を含む肥料は、陰イオンとの結合の強さも影響し、硫酸カルシウムより硝酸カルシウムの方が溶けやすい。水溶性肥料(硫酸塩、硝酸塩、クエン酸塩など)は水に溶けやすいが、く溶性肥料(炭酸塩、リン酸塩など)は水に溶けにくい。しかし、く溶性肥料は根から分泌されるクエン酸などの有機酸によって溶け、ゆっくりと肥効を発揮する。カキガラ石灰などは、このく溶性を活かした緩効性肥料である。

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無機肥料は、水に溶けてイオン化することで植物に吸収される。有機肥料のように微生物分解は必要ない。例えば硫酸カルシウム(CaSO₄)は、水に溶けるとカルシウムイオン(Ca²⁺)と硫酸イオン(SO₄²⁻)に分かれる。植物は主にカルシウムイオンを吸収する。肥料の効果は、いかに水に溶けやすいか、つまりイオン化しやすいかで決まる。溶けやすいほどイオンが土壌中に放出され、植物に吸収されやすくなる。

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京都大学の生協前にある鞠のような桜は、八重咲きで、花が集まって咲く様子が鞠に似ている。去年撮影したこの桜は、今年の天候の関係で満開はもう少し先になりそうだが、桜の季節の到来は確実だ。花房の上部からは未熟な葉が出ており、薄い色のリンゴのような果実にも見える。桜とリンゴは同じバラ科であり、桜がリンゴに憧れているという想像も膨らむ。

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デジカメのSDカードから外付けHDDへ写真移動中、エラーでデータが消失。SDカード側も削除済みで焦ったが、PhotoRecというオープンソースの復元アプリを発見。Ubuntuにインストール(sudo apt-get install testdisk)後、sudo photorecを実行。SDカードを選択し、ホームディレクトリに復元先を設定。あっという間にデータが復元され、事なきを得た。

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御衣黄桜は緑色の花弁にピンクの模様が特徴的な桜で、貴族の服の色に似ていることから命名された。開花時期は一般的な桜より長く、去年は今から約一週間後だった。緑色は葉緑素によるもので、花弁の裏には気孔も存在する。通常の桜は葉の機能を退化させて色素で彩られるが、御衣黄は葉の機能を残したまま色素が加わった変異種と考えられる。この変異が緑とピンクの独特な模様を生み出している。

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土壌のCEC測定では酢酸アンモニウムで土壌中のミネラルをアンモニウムと交換する。しかし、硫安（硫酸アンモニウム）のような強酸塩を施肥すると、CEC測定以上のミネラルが交換され、苦土などの養分が溶脱する可能性がある。肥料偽装で革粉の代わりに硫安を使用していた事例では、残留性だけでなくミネラルの効きも弱まり、野菜の品質低下を招いていた可能性がある。つまり、アンモニア態窒素肥料は土壌への影響を考慮し、施肥する必要がある。

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平野神社の八重紅枝垂はソメイヨシノより遅咲きで、今が見頃。紅枝垂より花弁の枚数が少ない種類も存在するが、美しさは好みの問題。既に満開の桜もある一方、平野神社の珍種10種は半分が未開花。ニュースで桜の散り始めが報じられているのは早咲きの種類であり、これからが見頃な桜も多い。桜の季節はまさにこれからが本番。来週、再来週も桜を見に行く予定。

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土壌のCEC（陽イオン交換容量）測定は、土壌が保持できる養分の量を測る方法です。まず酢酸アンモニウムで土壌中の陽イオンをアンモニウムイオンに置換し、エタノールで洗浄後、塩化カリウムでアンモニウムイオンを溶出させます。この溶出したアンモニウムイオン量を測定することで、土壌のCEC、つまりマイナスの電荷量を間接的に測ることができます。測定単位はmeq（ミリイクイバレント）で、イオンの電荷数を示します。

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保肥力とは、土壌が肥料を保持する力のこと。陽イオン交換容量（CEC）という数値で測られ、CECが高いほど保肥力が高い。土中の粘土鉱物や腐植はマイナスの電荷を帯び、プラス電荷の肥料成分を吸着するため、CECに影響する。日本の土壌は一般的にCECが低く、肥料が流れやすい。保肥力を高めるには、バーク堆肥や腐植、鉱物資材などを活用する。保肥力が高まると、電気伝導度やpHも安定しやすくなる。

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枝垂れ桜は、枝の徒長によって重力に耐えきれず垂れ下がった形状を持つ。徒長は植物ホルモンのオーキシンが関与し、枝は強度を高めることなく伸長するため垂れる。しかし、強度を高めないことで、風などのストレスを回避し、しなやかに生き残る術を得ている。細い枝は強靭な木よりも折れにくい性質を持つため、枝垂れの形状が維持される。つまり、一見すると不完全な徒長も、環境適応の結果であり、その美しさは日本の文化において雅なものとして捉えられている。

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さくらのVPSにGo環境を構築し、アプリケーションサーバを起動した際のメモ。UbuntuにGit, Go, MySQLをインストールし、アプリをビルド、実行した。ポート80での起動はroot権限が必要だったため、`sudo ./app -addr=:80`で実行。バックグラウンド実行は`&`を追加し、停止は`kill -KILL プロセスID`を使用。セキュリティ設定は別途必要。

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家畜糞（鶏糞など）と魚粕は、どちらも有機肥料だが、植物の窒素吸収形態に違いがある。家畜糞は尿酸や尿素が主体で、植物はこれらをアンモニウムイオンや硝酸イオンに変換してから吸収し、光合成のエネルギーを使ってアミノ酸を合成する。一方、魚粕はタンパク質が主体で、土壌微生物がこれをアミノ酸に分解し、植物はアミノ酸を直接吸収する。そのため、魚粕は光合成エネルギーを節約でき、効率が良い。また、魚粕使用時は液胞に蓄積されるアミノ酸が多いため、作物の食味が向上する傾向がある。

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肥料の窒素は、植物によって吸収される形態が異なります。畑の作物は主に硝酸イオン（NO₃⁻）の形で窒素を吸収します。土壌中のアンモニウムイオン（NH₄⁺）は、微生物による硝化作用で硝酸イオンに変換されます。しかし、嫌気条件下では脱窒が起こり、窒素ガスが発生したり、亜硝酸がアンモニアに還元されます。一方、水田の稲はアンモニウムイオンの形で窒素を吸収します。近年、畑作物もペプチドやアミノ酸などの有機態窒素を吸収できることがわかってきました。大豆油粕や魚粕などは、こうした有機態窒素を含んでいます。

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GoでWebアプリを開発し、Ctrl+Zで停止した後に同じポートで再起動しようとしたら`address already in use`エラーが発生した。停止ではなく、プロセスが生きていたためポートが使用中だった。`ps`コマンドでプロセスIDを確認し、`kill -KILL [PID]`でプロセスを終了させた後、再起動に成功した。ブラウザでWebアプリの画面が表示され、サーバが正常に動作していることを確認。これは土壌分析アプリsoil2の開発中に遭遇した問題で、プロセスをkillすることで解決できた。

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山間部の耕作放棄地は、獣害を受けやすい森に隣接した畑から発生しやすい。イノシシやシカ対策のフェンス設置は費用や手間がかかり、設置後のトラクターの出入りも不便になる。耕作放棄地は放置されると草原化し、森のように獣の住処となるため、隣接する畑も獣害のリスクが高まり、更なる耕作放棄につながる悪循環が発生する。新規就農者に斡旋される土地も獣害エリアになりやすく、就農初期の負担を増大させている。

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使わなくなったWindows7マシンにUbuntuをインストールし、Sambaでファイル共有サーバーを構築する方法。手順は、Ubuntuインストール後、端末でSambaをインストールし、共有フォルダ`/home/share`を作成、パーミッションを設定。`/etc/samba/smb.conf`を編集し、ゲストアクセスを許可する設定を追加。Sambaを再起動し、ファイアウォールで必要なポートを開放。自動起動設定も実施。Windowsからは、ネットワークドライブの割り当て機能を使い、`\\SambaサーバーのIPアドレス\Share`でアクセス可能。`Share`部分はsmb.confで設定した共有名。

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近所の公園の滑り台の隙間で、小さな花が咲いていた。日当たりも悪く、雨も届きにくい過酷な環境に見える。しかし、他の植物との競争もないことから、ある意味楽な環境とも言える。虫も集まりやすく、受粉には困らなそうだ。一見厳しい環境でも、植物は独自の生存戦略で命を繋いでいる。

耕作放棄地問題について書いてみる前回、耕作放棄地は儲からないところで発生すると書いた。儲からないというのは重機が入りにくい畑のことで、要は便が悪いところに他ならない。この話を踏まえたうえで、電車の窓から見える畑とかを見てみなよ。意外なところが耕作放棄地になってるから。車窓からこんな景色って見えるでしょ。何故か高架下付近の畑とか、真ん中あたりがぽつんと放棄されていたりする。これには理由があって、たとえば、とある地域にこんな感じで畑が区画整備されていた

近所の川で自生していたモモの木見分けの自信がないけど、先端の尖りと花弁の付け根が空いていてスコップ型の花弁なのでモモで合ってるよね？って、この写真をよくよく見てみたら、この花も雄しべが花弁になりかけてる。というか、この株だけでいくつかこの変異を見るから、モモ、いや、バラ科は八重咲きになりやすいのか？そうなると、実は生らぬヤマブキの八重咲きの花平安時代にヤマブキ(バラ科)で八重咲きの

今朝、地方での人材不足が深刻化というニュースを見ながら話したことでも書こうと思う。テーマは地方で人材確保は難しいと思うことについて。私は横浜という街で育ち、学生の頃に関西にきて、都市や農村を転々と経験した。その中で感じたことなのだが、地方で優秀な若者が定着することは難しすぎると感じた。これは耕作放棄地や新規就農支援にもつながることだから、耕作放棄地問題も人的な根深い問題なのだなと痛感している。世間の就農支援について思うこと続・世間の就農支援について思うこと

コンテナを２つ作成し、一つはPHP7の環境にSOY CMSを入れたコンテナで、もうひとつはMySQLのコンテナDockerで構築したPHP7の環境でSOY CMSを動かしてみるDockerで作ったMySQLのコンテナにホストからアクセスしてみるdocker-composeでコンテナを作成して、SOY CMSのコンテナからMySQLのコンテナのデータベースを利用する。Docker Composeいろいろと苦戦したが、成功した方法だけ残す。docker-compose用に

京都某所にある桜。見ての通り、池にある岩の上で花を咲かせている。この咲き方だけど、枝がうまく岩の上に着地して、しかも驚くべきことに、岩に着地したところから、枝の成長が上に向かっている。支えを得たから、枝がまた上に成長することを挑戦したのか？そもそも、この枝が岩をめがけて剪定され、枝の方も浸水しない箇所を探って岩を見つけてそちらに伸長したのか？それとも、枝に合わせて岩の位置を

花咲きて 実は生らぬとも 長き日に 思ほゆるかも ヤマブキの花前にタイトルは忘れたが、万葉集と園芸の本を読んだ時、作者不明、おそらく貧しい農村の娘だろうという内容が記載されていたんだけど、この詩にある実は生らぬともというのはおそらく八重咲きのヤマブキだろう。道端に咲いていた八重咲きのヤマブキの花を見た時に、ふとヤマブキの詩があったことを思い出した。この詩だけど、平安の時代に八重咲きのヤマブキなんて高度な園芸品種なんてあったの

Dockerを引き続き勉強中。Dockerで構築したPHP7の環境でSOY CMSを動かしてみる本当はPHP7のコンテナからMySQLのコンテナを利用したいんだけど、いまいちよくわかってないので、練習として、ホストからMySQLのコンテナにアクセスしてみることにした。まずは、MySQLのイメージを作成mysql├── Dockerfile└── charset.cnfmysqlディレクトリを作成して、Dockerfileとcharset.c

BB肥料というものがある。こんな感じの肥料ね。BBというのは、Bulk Brendingの略で、粒状の各種肥料をそのまま混合した肥料で、原材料を集めて工業的に且つ成分を計算して合成した化成肥料よりも経済的だと言われる。全農の取扱肥料について｜全農BBは単肥や有機質肥料を混ぜて、成分の計算を行う手間があるが、後者の工業的に合成された肥料ではできない各畑の特徴を加味したオーダーメイドができる他、残留性の高い成分を抜くといったこともできる様になる。肥料成分として