植物のミカタ

タンパクの三次構造の際の結合：水素結合１でタンパク質を形成する際の結合方法である水素結合を記載した。実際は三次構造形成以外でも使われているみたいだけど、そこはおいといて。とりあえず、水素結合の話題を出したことだし、実際にどの様に結合されているかでもみてみよう。水素結合は電気陰性度の規則に従って極性をもった分子同士がつながりあうことで、電気陰性度の規則に従っていれば、水分子でなくとも極性を持つ。アミノ酸にも極性を持つものがいくつかあり、それが

タンパクの三次構造の際の結合で、タンパク質内の強い強い結合であるジスルフィド結合の話を書いた。記憶が正しければ、これは60℃を超える高温でも切れない結合のはずで、高温帯で働く酵素等でよく使われていたと思う。この話を前提に、よくこんな話を聞くだろう。ゆでたまごは茹でることによってタンパクが変性して、液状だったタンパクが固体になると。でもね、高温に晒されたからといって、タンパクの構造がバラバラになるっておかしな話じゃない？実際、ペプチド結合の切断は温度だけで発生すると

イヌムギの花が咲いている。イネ科の草の中で初春あたりから開花するので、この花を見かけるとそろそろ春も中旬かなと思えてくる。このイヌムギ、葉にねじれがあり、中央辺りから発生した葉がねじれ始め、いつのまにか裏側が上向きになっている。これは原始的な葉の特徴みたいで、葉の表裏で葉緑体の数の差があまりないみたい。(大半の植物は葉の表に葉緑体がたくさんある)裏にも葉緑体が多いことで、葉にねじれが入る。このねじれが他の草よりもはやく成

京都の古くからある神社には、フタバアオイが描かれているところがいくつもある。で、そのフタバアオイというのが、これで、このフタバアオイがどんな花を咲かせるのだろう？と思っていたら、すでにこの株は花を咲かせているらしい。葉の下にあった。花は目立つために、葉の上に花を咲かせるだろうというのは人目線であって、フタバアオイがアリやクモを媒介しているのであれば、葉の上で開花する必要なんて全く無い。(もしく

桜が散った頃に満開になるヤマブキ。京都の松尾大社という神社があって、そこの境内にたくさんのヤマブキが植えられている。らしい。というわけで松尾大社に行ってみた。松尾大社 - Wikipedia実は生らぬヤマブキの八重咲きの花境内一面が八重咲き、菊咲きとヤマブキの花で一色だった。で、奥の庭に白いヤマブキがあるということで、境内に奥の方に行ってきたところ、白いヤマブキが自生していた。おや？ヤマブ

おそらく関山の桜もしくは関山に近い品種今年の桜の季節がすでに終わったと思うのはもったいないまだ咲いている。というか全盛期。桜は散り際が美しいという。散り方の桜吹雪が美しいのだろう。花弁が一枚一枚風に乗って散っていく様を桜吹雪と呼ぶのだろう。でだ、関山っぽい桜の下を見ると、花がまとまって落ちている。よくよく見てみると、長い花柄もあるので、花柄から千切れたのだろうな。桜吹雪ではないけれど、これはこれで美し

ジスルフィド結合の切断方法で強い結合を切る方法を見た。蕎麦殻内にある強い結合を切る方法はわかった。しかし、強い結合を切ることが得意な微生物がどこにいるのかわからない。というわけで、ジスルフィド結合を切った後に生成されるシステインの分解を見て、そこからヒントを探してみることにしよう。システインは主要アミノ酸の中で、最後のアミノ酸(システインの次は他の主要アミノ酸にならないの意味)で、(左：システイン、右：ピルビン酸)システインから諸々が外れて、代謝に使われるピ

籾殻という資材がある。処分に困っているそうだ。なかなか分解しないから堆肥として使いにくいので、燻炭にして利用している人が時々いる。分解しにくい要因として、籾殻自体が水をはじくので、水を弾くがゆえに微生物による分解がなかなか行われない。というような特徴の資材なんだけど、程よい塊になると、中の水が蒸散されにくくなるので、中には菌糸がびっしり。菌糸が生えてしまえば、籾殻は撥水性を失うので、

PHPで楽天市場の商品登録を楽しよう:Apacheのインストール編前回の記事でWindows7にApache2.4をインストールした。次はPHPのインストールを行う。はじめにPHPのサイトからダウンロードを行う。バージョンはもちろんPHP7！http://windows.php.net/download#php-7.0DockerでPHP7の環境を構築してみるVC14 ×64 Thread Safeのzipをダウンロード。ダ

楽天市場を利用している人を見ていて思った。商品情報の登録と登録内容の確認の流れが面倒じゃないか？とあまりにも無駄な時間が多いので、いったん、自身のパソコンでHTMLを作ってしまい、それをコピペで対応できたら楽だろうと、PHPで検証環境を作ってみた。(環境についての詳しい内容は後ほど)PHP: Hypertext Preprocessorしかし、共同作業でPHPがインストールされている環境なんてなかなかないので、全員分のPCにインストールして回ってい

普賢象(フゲンゾウ)という桜を見た。この桜は中央の雌しべが葉化していて、その変異が象の鼻に見えることから、普賢象と呼ぶことになったらしい。(実際は普賢菩薩の象だって書いてあった。)フゲンゾウ - Wikipedia雌しべが葉化している変異って今まで見たことがないんだよね。ということで、近づいて詳しく見てみた。？もしかして葉化しているのは中央の緑？確かに鼻っぽく見ようと思えば見えるけど、フゲンゾウという

SSHで外部のネットワークからログインできるようにするで外部のネットワークからログインできる様にした。外部からのログインを可能にするのは結構緊張する。できる限りアクセスできる穴みたいなものを封じておきたい。ポート番号を推測しにくいものにして、ファイヤウォールの設定もしたけど、総当り攻撃をされたらいつかはログインされてしまう。サイバー攻撃が何と多いことかSOY CMSで総当たり攻撃に対応してみた更には、sshでログインする際に入力するパスワードは暗号化されず平文

タンパクの三次構造の際の結合の内容も含め、そば粉の中のアレルゲンであるFag e 2がどうして酵素分解されにくいのかがわかった。蕎麦殻の何がアレルゲン？分解されにくさは、タンパク質中にあるジスルフィド結合の数であって、蕎麦殻をいちはやく使いたい場合は、Fag e 2の分解も視野に入れなければならない。つまりは、そば粉のタンパクを土に速く還すということだ。ここで必要となるのが、ジスルフィド結合がどうやって切断されるか？ということで、

使わなくなったパソコンにSambaを入れて、ファイル共有用のサーバを構築してみた先日、Sambaを入れたマシンですが、家から少し離れた場所にあるので、ふと操作したいなと思っても、マシンの場所に行かなければ操作できないといろいろと面倒だ。脆弱性が報告された場合、関係ないといえど、修正バッチはすぐに対応しておきたいのが心情というものだし…ということで、遠隔操作できるようにSSHを入れたので、今回はその時行った操作のメモを残す。Secure Shell - Wik

タンパクを形成するペプチド結合でアミノ酸からタンパクになる過程の第一段階のペプチド結合の話を書いた。ペプチド結合の段階だとポリペプチドと呼ばれ、まだタンパクとしての機能はない。この後、アミノ酸の直鎖が折りたたまれることによって、ここのアミノ酸の働きの組み合わせで酵素のような複雑な機能を持ち始める。折りたたみには二次構造、三次構造とあるが、それらの細かい話はなしにして、折りたたみの際にいくつかの結合を行うが、今回はそれを見ていこうと思う。例えば、アミノ酸が直鎖に

[京都の白川疎水に一本の桜の老木が。幹はこんな感じで朽ち始めていて、中は空洞になっていた。…？おや？老木の中に新たな枝が！この枝はこの木から発生したものか？ここで新たに発芽したものかは明確ではないけど、この様なところで健気に花を咲かせている。となると、この老木から発生した枝だな。この枝はいずれ大きく育つだろう。未来を想像した時、ふと思った。この幹の中で

タンパクとはアミノ酸が脱水縮合という反応で直鎖につながったものであり、アミノ酸同士がつながっていることをペプチド結合と呼ぶ。ペプチド結合 - Wikipedia例えばこんな感じ。メチオニン - グリシン - アラニン - イソロイシン - ・・・(例は適当だけど、上の様にアミノ酸がずっと続く)アミノ酸がこんな感じで何千、何万と結合することで、一つの機能を持つようになる。で、ここでアミノ酸が直鎖になる時に脱水縮合という反応が起こると記載したが、そもそもどんな反応なの

ソメイヨシノが散って、枝垂れ桜も散って、もう今年の桜が終わったと思うのは非常にもったいない。なぜならば、桜漬けに使われる関山(カンザン)という品種がこれから満開になるからだ。(桜漬けに使われる話は植物園に書いてあった)更に、半端ない花弁の枚数の菊桜もそろそろ開花を始める。陽気も昼間はシャツ一枚でと、快適な季節になりつつある時期に咲くので、今こそ花見の季節だと思う。まぁ、花見の名所にこれらの桜が植えられ

昨日、蕎麦殻を畑にまくということで、蕎麦殻を見せてもらった。で、これがまいたところ。蕎麦殻って、結構、蕎麦の粉末が残っているものなのね。この粉末が、そばの種子が発芽するために利用する貯蔵タンパクならば、蕎麦殻の何がアレルゲン？まいた直後に畑にすきこむと、土壌中の微生物が一気に増えそうだな。蕎麦のFag e 2は酵素分解されにくいと記載されていたけど、植物が発芽するときには分解されて利用するわけだ。土壌の微生物

前回、卵の梱包に蕎麦殻が使われていたという話を記載した。卵の梱包に蕎麦殻をこの蕎麦殻なんだけど、以前は枕の充填剤として使われていたらしいけど、そばアレルギーの人が使うとアレルギー反応を示すことがあるらしい。ということは、蕎麦殻にはアレルゲン(アレルギーの原因物質)が付着しているということになるので、この物質が堆肥や飼料として利用する際に何か影響がないのか？とりあえず、どんな物質がアレルゲンになるのか調べてみた。そばの成熟過程および調理時のそ

結構前のこと九州の平飼い養鶏のつまんでご卵さんから卵をいただきました。こんな箱に入っていて、黒っぽいものをかき分けると、こんな感じの卵が入っていたわけですが、この卵の周りにあったものがそば殻で、どうやらこのそば殻がいい感じのクッションの役目を果たしていたらしい。蕎麦殻 - Wikipediaこの蕎麦殻、最近は減ったけど、枕の中身として使われていたらしい。なんとも、ポリや繊維と比較して、滑りやすさが絶妙で、充填剤として変形しやすく頭の形にもフィット

さくらのVPSにGoの環境を構築してみた先日、さくらのVPSを借りて、Goで書いたWebアプリを公開してみたのですが、Goといえば、httpsから始まるURLを開くだけでHTTP/2になるという超素敵な仕様があり、(GoでHTTP/2が標準実装になったのはバージョン1.6からです)HTTP/2 - Wikipedia是非ともHTTP/2で運営してみたいということで、ちょうど先日正式公開となったMozillaのLet's Encryptを利用してみた。Mozilla Ja

さくらのVPSにApache2.4をインストールしたサイトをSSL対応したので、その時の作業をメモとして残す。さくらのVPSでSOY CMSを動かした時のメモの続き今回はhttp://example.comというサイトで、京都市内にあるという仮定で話を進めます。ちなみにApacheのバージョンは2.4.7CSRを使用して認証局から証明証を発行してもらう場合です。Apache HTTP Server - Wikipedia予備知識として、CSRとは、

さくらインターネットの共有サーバで運営しているサイトを、さくらのVPSに引っ越した。引っ越した理由は、クレジット決済代行会社の決済モジュールを利用しようとした時、さくらの共有サーバではダメだって言われたから、しぶしぶ引っ越しを行う羽目になった。ダメだと言われた理由は、さくらの共有サーバがSNI SSLしか使えないからだって。SOY CMSの常時SSL化で対応したことで、ここで問題になるのが、今まで利用していた共有サーバについてくるメールサーバをどうする？ということ。

前の記事で書きましたが、(無機肥料は、植物にどう吸収される？)無機肥料は水に溶けることで養分が吸収されるということでしたね。ということは、水に溶けやすい方が養分が吸収されやすいということになります。水への溶けやすさは、根（こん）の部分の酸の強さで決まります。酸の強さは、酸解離定数pKaを調べればわかります。(Wikipediaで各酸のページを開くと、記載されています。)例えば、硫酸の酸解離定数は‐3、硝酸は‐1.4、クエン酸は3、炭酸は6です。数字が小さいほど強い

無機肥料と聞くと皆さん何を思い浮かべますか？有機肥料というと、何個か名前があがると思いますが、無機ときくとすぐに思い浮かばない人も多いのではないでしょうか？まず、有機と無機の定義を見ていきましょう。有機とは、炭素（Ｃ）を含む化合物のことです。無機とは、炭素（Ｃ）を含まない化合物のことです。注意点としては、炭酸は炭素を含みますが、これは無機として扱います。有機の代表例としては、糖、クエン酸、タンパク質、オレイン酸（米ぬかに含まれる植物油）、ＡＴＰ（核酸）や尿素などが

ちょうど去年の今頃、京都大学の生協前にある桜を撮影した。今年の直近の天気が良い日が少ないので、この桜が満開になるのはもうしばらく後になりそう。どちらにしろ、この桜の季節はこれからであることは間違いない。八重紅枝垂とこれから始まる桜の季節で、この桜、鞠みたいに花を集めて開花する桜で、しかも八重咲き。実は生らぬヤマブキの八重咲きの花これはなんとも鞠の様。花の集合の上の方からまだ色づきが未熟な葉

デジカメのSDカードからバックアップ用の外付けハードディスクに写真を移動していた時のこと、デジカメで撮影していたデータを移行中にエラーになって、移行を強制終了したら、前に入れてたデータも何故か消えた。SDカードからハードディスクにコピーできた時点で、デジカメの方のデータも削除していたので、エラーになった時、正直焦った。大事な動画があったのにと…デジカメのデータは削除しても、表示できないだけでしばらくデータは残っているということらしいので、データの復元を試

御衣黄(ぎょいこう)去年の今から一週間後ぐらいに撮影したもの緑色の花弁に鮮やかなピンクの桜の花。ピンクの模様は最盛期を過ぎたあたりから現れるらしい。御衣黄の名前の由来は貴族のおえらいさんが来ていた服に色が似ていたからだと、前に植物園の人が言ってた。他の桜よりも開花している期間が長いのも特徴らしい。花弁の緑は葉緑素の色とのことで、花弁の裏側には気孔も存在する。ギョイコウ - Wikipedia学生の頃、花というのは葉としての機能をそぎ落とし、一旦白っぽい

土壌のCECはどうやって測る？CECを測定するとき、標本の土に対して、一度酢酸アンモニウムで土に付いているミネラルをアンモニウムと交換する。塩化カリウムで再度交換して、はがれたアンモニウムを定量するとあった。ここでいう交換というのは、陽イオン交換を指すわけで、(H+は有機酸を意味しています)土壌に吸着されていた要素をはがして、植物が土壌の肥料分を吸収する時と同じ原理を利用している。マイナス増やして、大事なものを蓄えろ根酸が炭酸塩を溶かすとなるとだよ。酢酸

ソメイヨシノよりも若干遅くに満開になる八重紅枝垂(ヤエベニシダレ)を拝みに平野神社に行ってきた。桜は平野神社で先日記載した、おそらく紅枝垂と比べても、明らかに花弁の枚数が違う。といっても、どちらが綺麗かは好みの問題なので、これ以上の話はやめておく。なんて話は脱線したけど、本当に書きたかったことは、本日、平野神社に行ったけど、珍種10種のうち、半分はまだほとんど咲いていなかった。

土壌中のカルシウムの測定法土壌分析のグラフを眺めていた時、ふとCECはどうやって測定しているのだろう？って思ったので、測定方法を読んでみた。とその前に、CEC(保肥力)が何なのか？の記事を書いておく。マイナス増やして、大事なものを蓄えろ土壌中でミネラル(陽イオンの養分)をどれだけ保持できるか？の値ね。で、測定方法は陽イオン交換容量（ＣＥＣ）の測定原理陽イオン交換容量は土壌のもつ陰イオン電荷の総量をあらわすものである。この測定は、

/** Geminiが自動生成した概要 **/
保肥力とは、土壌が肥料を保持する力のこと。陽イオン交換容量（CEC）という数値で測られ、CECが高いほど保肥力が高い。土中の粘土鉱物や腐植はマイナスの電荷を帯び、プラス電荷の肥料成分を吸着するため、CECに影響する。日本の土壌は一般的にCECが低く、肥料が流れやすい。保肥力を高めるには、バーク堆肥や腐植、鉱物資材などを活用する。保肥力が高まると、電気伝導度やpHも安定しやすくなる。

いつも歩いている道に枝垂れ桜がある。枝垂れ桜といえば、枝が長くなりすぎて、重力に耐えられなくなって垂れたからこの形状になるらしく、これは一種の枝の徒長だ。※徒長とは茎や枝がひょろ長く無駄に伸びること徒長といえば、高校生物で習う植物ホルモンのオーキシンが関与していて、私が学生の頃に枝垂れもオーキシンが関わっているのでは？という話を聞いたことがある。枝の先端が徒長するけど、伸長に合わせて枝の強度を高めることをしないから、徒長した枝は重力に負

Goで立ち上げたサーバを停止した後、再度同じポートで立ち上げるまだまだ課題は多いけど、最低限の機能は実装できてるので、さくらのVPSを借りて、アプリケーションサーバを立ち上げてみた。その時行ったことをメモに記す。さくらのVPSを借りて、Ubuntuを入れた。Ubuntuでファイアウォール等の設定は下記の、さくらのVPSでSOY CMSを動かした時のメモで記載したものを参考にして進め、今回は練習も兼ねて、この先はデプロイツールを使わず、一つ一つ丁寧に行ってみた。

先の記事では、化学肥料の硫安を例として、窒素の吸収形態について書きました。肥料分としての窒素の吸収形態今度は、有機肥料と言われる家畜糞と魚粕の違いについて見ていきましょう。まず、家畜糞(特に鶏糞)の主な肥料分は何でしょうか？尿酸、尿素です。タンパクやアミノ酸も含みますが少ないです。尿酸、尿素も植物に吸われる時の形態は、硫安と同じ形態でアンモニウムイオンもしくは硝酸イオンです（NO3－）。これが、植物に吸われて光合成によって、アミノ基（-NH2)になり、体内にある有機酸と結合し

元JAの営農指導員の方に肥料指導で必要な化学を話しています。インプットしたらすぐにアウトプットをモットーに記事を書いてもらうことにしました。その内容を肥料の使い方というカテゴリにまとめます。/**************************************************/肥料として与える窒素にはいくつか種類があります。「窒素を含む肥料とは」ときかれて何が思い浮かびますか？尿素、硫酸アンモニウム、硝酸アンモニウム、家畜糞、キチン、核酸、生ごみ（食品残渣）、魚

GoでWebアプリを書いて、端末から、#コンパイル appはファイル名go build -o app#サーバ起動./app2016/04/07 08:45:05 Webサーバーを開始します。ポート: :8080これで一度サーバを開くでしょ。ブラウザでアプリが立ち上がっていることもわかる。このサーバでCtrl + ZでSIGTSTP(プロセス停止)を行う。プログラムを修正して再度サーバを立ち上げようとすると、go build -o app./app20

耕作放棄地問題について書いてみる２で連続して畑がある地域での耕作放棄地の発生パターンを書いた。今回は山間部での耕作放棄地のパターンを書きたいと思う。たとえば、こんな感じで、畑の先に山や森があるところで、上記の様な区分の畑があるとする。ここで耕作放棄地が発生しやすい箇所といえば、山や森に隣接しているAとBの畑。何故かといえば、森からの獣(たとえば、イノシシやシカ)に畑を荒らされるからで、この手の畑では、このような感じでフェンスを立てて自衛をしていかなけ

32ビットのWindows7が余っているので、何か使い道はないですか？と聞かれたので、メモリーを増設して、Ubuntuを突っ込んで、Sambaでファイルの共有サーバを作ってみた。Ubuntu Japanese TeamSamba - opening windows to a wider worldとりあえずは、組織内の共有サーバとして、・外部からの接続は禁止・サーバのファイルを自由に変更できる・ログイン機能は持たないというシンプルな構成にしてみた。で、やっ

近所の公園にある滑り台。えっ？滑り台は生物じゃないから関係なくねって？いやいや、ここね、ここ。こんなところで花が咲いていたよ。こんな目立たなくて、光も入りにくいところで花が咲いていたよ。ここは常に覆われているので、真上から雨も入ってこないから、横殴りの雨でないと水を得るのも大変そうだ。こんなところでも、発芽条件を満たし、花を咲かせるまで成長するのとができるのね？いや、それは人目線で考え

耕作放棄地問題について書いてみる前回、耕作放棄地は儲からないところで発生すると書いた。儲からないというのは重機が入りにくい畑のことで、要は便が悪いところに他ならない。この話を踏まえたうえで、電車の窓から見える畑とかを見てみなよ。意外なところが耕作放棄地になってるから。車窓からこんな景色って見えるでしょ。何故か高架下付近の畑とか、真ん中あたりがぽつんと放棄されていたりする。これには理由があって、たとえば、とある地域にこんな感じで畑が区画整備されていた

近所の川で自生していたモモの木見分けの自信がないけど、先端の尖りと花弁の付け根が空いていてスコップ型の花弁なのでモモで合ってるよね？って、この写真をよくよく見てみたら、この花も雄しべが花弁になりかけてる。というか、この株だけでいくつかこの変異を見るから、モモ、いや、バラ科は八重咲きになりやすいのか？そうなると、実は生らぬヤマブキの八重咲きの花平安時代にヤマブキ(バラ科)で八重咲きの

今朝、地方での人材不足が深刻化というニュースを見ながら話したことでも書こうと思う。テーマは地方で人材確保は難しいと思うことについて。私は横浜という街で育ち、学生の頃に関西にきて、都市や農村を転々と経験した。その中で感じたことなのだが、地方で優秀な若者が定着することは難しすぎると感じた。これは耕作放棄地や新規就農支援にもつながることだから、耕作放棄地問題も人的な根深い問題なのだなと痛感している。世間の就農支援について思うこと続・世間の就農支援について思うこと

コンテナを２つ作成し、一つはPHP7の環境にSOY CMSを入れたコンテナで、もうひとつはMySQLのコンテナDockerで構築したPHP7の環境でSOY CMSを動かしてみるDockerで作ったMySQLのコンテナにホストからアクセスしてみるdocker-composeでコンテナを作成して、SOY CMSのコンテナからMySQLのコンテナのデータベースを利用する。Docker Composeいろいろと苦戦したが、成功した方法だけ残す。docker-compose用に

京都某所にある桜。見ての通り、池にある岩の上で花を咲かせている。この咲き方だけど、枝がうまく岩の上に着地して、しかも驚くべきことに、岩に着地したところから、枝の成長が上に向かっている。支えを得たから、枝がまた上に成長することを挑戦したのか？そもそも、この枝が岩をめがけて剪定され、枝の方も浸水しない箇所を探って岩を見つけてそちらに伸長したのか？それとも、枝に合わせて岩の位置を

花咲きて 実は生らぬとも 長き日に 思ほゆるかも ヤマブキの花前にタイトルは忘れたが、万葉集と園芸の本を読んだ時、作者不明、おそらく貧しい農村の娘だろうという内容が記載されていたんだけど、この詩にある実は生らぬともというのはおそらく八重咲きのヤマブキだろう。道端に咲いていた八重咲きのヤマブキの花を見た時に、ふとヤマブキの詩があったことを思い出した。この詩だけど、平安の時代に八重咲きのヤマブキなんて高度な園芸品種なんてあったの

Dockerを引き続き勉強中。Dockerで構築したPHP7の環境でSOY CMSを動かしてみる本当はPHP7のコンテナからMySQLのコンテナを利用したいんだけど、いまいちよくわかってないので、練習として、ホストからMySQLのコンテナにアクセスしてみることにした。まずは、MySQLのイメージを作成mysql├── Dockerfile└── charset.cnfmysqlディレクトリを作成して、Dockerfileとcharset.c

BB肥料というものがある。こんな感じの肥料ね。BBというのは、Bulk Brendingの略で、粒状の各種肥料をそのまま混合した肥料で、原材料を集めて工業的に且つ成分を計算して合成した化成肥料よりも経済的だと言われる。全農の取扱肥料について｜全農BBは単肥や有機質肥料を混ぜて、成分の計算を行う手間があるが、後者の工業的に合成された肥料ではできない各畑の特徴を加味したオーダーメイドができる他、残留性の高い成分を抜くといったこともできる様になる。肥料成分として