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ポリフェノールは活性酸素の除去だけでなく、アレルギー反応への関与も注目されています。花粉症などのアレルギー反応を引き起こすヒスタミンを分泌する細胞「好塩基球」に対し、ポリフェノールは活性調整を行うことが分かっています。
具体的には、ポリフェノールの一種であるフラボノイド（ケルセチンやケンフェロールなど）が、好塩基球内でのヒスタミン分泌に関わるNFATやAP-1といったタンパク質の活性に影響を与えます。
健全な野菜にはこれらのポリフェノールが多く含まれるため、野菜の質の低下はアレルギーに大きな影響を与えている可能性があります。
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植物は紫外線から身を守るためフラボノイドを合成します。強い紫外線下で特異的に増えるフラボノイド（ケルセチンなど）は、UVカットのビニールハウス栽培では合成量が減る可能性があると指摘。ケルセチンは抗酸化・抗ウイルス効果も期待されるため、筆者は資材に頼らない栽培が健康に繋がると提唱しています。
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植物は有害な紫外線から身を守るため、フラボノイドという物質を活用する。千葉大学の研究によると、シロイヌナズナは紫外線量の多い地域で、サイギノールというフラボノイドを生合成する。サイギノールは、ケンフェロール（淡黄色のフラボノイド）に３つの糖とシナピン酸が結合した構造で、紫外線を遮断するフィルターのような役割を果たす。他の植物にも同様の紫外線対策機能が存在する可能性が高い。
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アジサイの花の色はアントシアニジンという色素と補助色素、そしてアルミニウムイオンの有無によって決まる。アントシアニジン自体は赤色だが、補助色素が結合することで青色に変化する。さらに、土壌にアルミニウムイオンが豊富に存在すると、アジサイはアルミニウムイオンを吸収し、アントシアニジンと結合して青色の発色を強める。つまり、アジサイの青色は、アントシアニジン、補助色素、アルミニウムイオンの３つの要素が揃うことで現れる。逆に、アルミニウムイオンが少ない土壌では、アジサイはピンク色になる。
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アサガオの青色はアントシアニン色素によるが、幻の黄色いアサガオの謎をフラボノイドから探る。フラボノイドは黄色い化合物の語源を持ち、ミヤコグサの黄色はフラボノイドの一種ケルセチンによる。アサガオはケルセチン合成経路を持つものの、アントシアニン合成が優先される。淡黄色のアサガオはアントシアニン合成が欠損した変異体と考えられ、ケルセチン合成の増加で黄色が濃くなる可能性がある。アサガオの鮮やかな青はアントシアニンと補助色素のフラボノールの共存によるものかもしれない。