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殺菌剤のボルドー液がブドウの土壌環境に影響を与える可能性がある。ボルドー液が糸状菌の活動を抑制し、フェノール性化合物の酸化と重合を妨げることで、発根が阻害され、微量要素の吸収量が低下し、品質が低下する可能性がある。さらに、発根が弱まると、虫や病気に弱くなることも懸念される。また、銅は発根がなければ吸収されにくく、コウジカビなどの糸状菌のポリフェノール関連の活動が発根を誘導するために不可欠となる。ブドウやミカンなどの栽培では、耕うんや腐植酸の投入が困難であるため、ボルドー液の使用による土壌環境の変化を考慮することが重要である。