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フザリウム属菌は腐生菌であり、植物寄生菌でもあるため、有機物肥料で増殖し、植物に病害をもたらす可能性がある。しかし、非病原性のフザリウム属菌は、他の病原菌（例：ボトリチス属菌）の抑制効果も持つ。そのため、フザリウムの扱いは、病原性と非病原性の区別が重要で、判断が難しい。