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ヘアリーベッチ米栽培は化学肥料削減を目指す良い取り組みだが、ハチミツもウリにすることで、ミツバチによる花粉持ち出しで亜鉛等のミネラル欠乏を起こす懸念がある。レンゲ米栽培と同様、水田への入水でミネラルが補給される地域は限られるため、収量低下を防ぐ工夫が必要だ。具体的には、稲藁鋤込み時に亜鉛豊富な米ぬかを散布するなどが考えられるが、持ち出し量を考えると微々たる効果かもしれない。理想的には川底の泥を利用したいが、現実的には難しい。ヘアリーベッチ米に限らず、環境負荷の少ない稲作を継続するには、ミネラルバランスへの配慮が不可欠である。