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ミカン栽培において、秀品率向上には亜鉛の供給が課題となっている。土壌分析で亜鉛不足が判明し、発根促進に亜鉛が必要なことから、その供給方法が焦点となっている。既存のベントナイト、カキ殻肥料、微量要素剤では、亜鉛供給源として最適ではない。そこで、亜鉛を比較的多量に含む資材を元肥に少量混ぜることが有効と考えられる。候補として大豆粕や、キノコ栽培後の廃菌床堆肥が挙げられる。亜鉛は過剰症のリスクもあるため、少量施肥が重要である。同時に、堆肥が固まることによる酸素不足といった物理性の問題も検討課題となっている。
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ヨトウガの幼虫対策として、殺虫剤以外の方法を検討。植物ホルモンであるジャスモン酸は食害虫の消化酵素を阻害する効果があるが、農薬としては多くの作物で使用できない。そこで、植物の抵抗性を高める「全身誘導抵抗性」に着目。特に、根圏微生物との共生によって誘導される抵抗性は、葉が食害されなくても発動する。そのため、発根量を増やし、土壌微生物との共生を促すことが重要となる。具体的な方法としては、草生栽培の効率化などが挙げられる。
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リン酸過剰土壌で緑肥栽培を行う際、ヤシガラ施用が有効な可能性がある。ヤシガラ成分中のラウリン酸がアーバスキュラー菌根菌(AM菌)増殖を促進するとの研究結果が存在する。AM菌はリン酸吸収を助けるため、ヤシガラ施用→AM菌増殖→緑肥のリン酸吸収促進、という流れで土壌中のリン酸過剰を是正できる可能性がある。家畜糞堆肥等でリン酸過剰になった土壌で緑肥栽培を行う際、播種前にヤシガラを土壌に施用することで、緑肥によるリン酸吸収を促進し、土壌クリーニング効果を高められるかもしれない。
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ヤシガラ使用で植物の細根が増えたという話から、ヤシガラに含まれる成分の影響を考察。ヤシガラはココヤシの油粕で、カリウムの他、油脂由来の脂肪酸が含まれる可能性がある。脂肪酸は通常肥料成分として注目されないが、アーバスキュラー菌根菌(AM菌)の培養に脂肪酸が有効だったという研究結果から、ヤシガラ中の脂肪酸がAM菌を活性化し、ひいては植物の発根を促進した可能性が考えられる。特に、ヤシ油に含まれるパルミトレイン酸はAM菌の増殖に効果がある。ただし、ヤシガラの油脂含有量によっては効果がない可能性もある。
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アーバスキュラ菌根菌、特にグロムス菌門は、多くの陸上植物と共生関係を築き、アーバスキュラ菌根を形成する。宿主植物の根よりも細く長い菌糸を伸ばし、リン酸などの養分吸収を促進する。また、感染刺激により植物の免疫機能を高め、病原菌への抵抗性を向上させる「ワクチン効果」も持つ。乾燥や塩害への耐性も向上する。しかし、植物にとって共生は負担となるため、養分が豊富な環境では共生関係は形成されにくい。
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ミカンの落葉の分解遅延に関する考察を、好調な木の根元に生えたキノコの観察を通して行っている。好調な木には牛糞堆肥が施用され、その下にキノコが生えていた。キノコ周辺の落葉は分解が進んでいたが、全ての好調な木にキノコがあったわけではないため、相関関係は不明。
牛糞堆肥は落葉分解菌（白色腐朽菌）に悪影響を与えるという説がある一方、キノコの存在は外部からの腐朽菌の持ち込みを示唆する。ハウスの密閉性向上により菌類生態系の単一化が落葉分解遅延の原因ではないかと推測。
落葉分解促進策として、木質堆肥で落葉を覆う方法や、シロクローバの併用を提案。シロクローバは土壌物理性を向上させる効果があり、リンゴ園の事例を参考に挙げている。また、牛糞堆肥と落葉分解の関係性について、別の記事への参照を促している。
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ミカンの木の落ち葉が白っぽく漂白し、土に還りにくい現象は銅欠乏と関連している可能性が高い。健康な落ち葉はリグニンにより褐色だが、漂白した葉はリグニンが少ない。リグニン合成には銅などの微量要素が必須だが、土壌への過剰な石灰施用は銅の不溶化を招き、ミカンが銅を吸収できなくなる。ミカン栽培では石灰を好むとされ過剰施用の傾向があるが、土壌のpH調整には適切な方法が必要で、過剰な石灰は銅欠乏を引き起こし、リグニン合成阻害、落ち葉の漂白、分解遅延につながる。細根の育成環境改善や銅吸収しやすい環境整備、銅の補給によって対処できる。
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植物は銅を利用して難分解性有機物リグニンを合成し、自らを害虫や病原菌から守る。キノコは銅を利用してリグニンを分解する。廃菌床はキノコ栽培後の培地で、キノコが生え終わった後もリグニン分解のポテンシャルが残っている。これを土壌に混ぜ込むことで、土壌はフカフカになり、植物の側根や毛細根の生育が促進される。さらに、廃菌床に残存する銅を作物が吸収することで、植物はより強くなり、病害虫への抵抗力が高まる。この一連の流れは、銅を介した植物とキノコのリグニンをめぐる攻防の延長線上にあると言える。ボルドー液のような銅製剤は、このメカニズムを応用した農薬である。