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畑作継続の難しさは、土壌の劣化、特に酸性化にある。生産現場では土壌pHの重要性は認識されているものの、その原理の理解は曖昧なまま施肥が行われていることが多い。土壌酸性化は、肥料成分の溶解性に影響し、作物の養分吸収を阻害、生理障害や病虫害 susceptibility を高める。土壌は、地質時代からの生物活動による風化・堆積物で、化学肥料の登場により酸性化が加速した。しかし、肥料の中には酸性化を促進するものと緩和するものがあり、適切な施肥管理が重要となる。土壌形成の歴史を理解することで、pH管理の重要性も深く理解できる。
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酸性土壌では、鉱物中のアルミニウムが溶出して根の伸長障害を引き起こす。この障害により吸水・肥料吸収力が低下し、生育に悪影響を及ぼす。スギナは酸性土壌に強く、アルミニウムに耐性があるため、酸性の指標植物として利用できる。畑やその周辺にスギナが繁茂している場合、土壌の酸性化が疑われ、改善が必要と考えられる。酸性土壌は保水性や保肥力も低下しているため、栽培を開始する前に土壌の改善を行うことが望ましい。
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粘土鉱物を含む土壌は、粒子間のつながりによって保水性と保肥力を保つ。しかし、土壌が酸性化するとこのつながりが弱まり、保水・保肥力が失われる。例として、元水田の粘土質土壌が、酸の影響で乾燥しやすく保水・保肥力のない状態になる場合がある。これは施肥効率の低下につながるだけでなく、さらに深刻な問題を引き起こす可能性がある。