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家畜排泄物と食品残渣のメタン発酵により生成される消化液は、タンパク質分解で生じるアンモニウムイオン（NH4+）を豊富に含む。リン酸については、家畜糞中の貯蔵性リン酸であるフィチン酸が発酵過程でオルトリン酸に変化し、消化液へ移行する。オルトリン酸は微生物に利用されるが、最終的には水溶性のリン酸アンモニウム（リン安）として消化液中に存在する。これは即効性のリン酸源となる。消化液中にカルシウムイオンが存在すると、難溶性のリン酸カルシウムとして沈殿する可能性もあるが、主要なリン酸の形態はリン酸アンモニウムである。
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スティックランド反応は、嫌気性微生物（特にクロストリジウム属）による特殊なアミノ酸発酵経路です。一方のアミノ酸（電子供与体）が酸化され、もう一方（電子受容体）が還元されることで進行します。この反応では、両アミノ酸からアンモニウム（NH4+）が外れ、最終的に有機酸（短鎖脂肪酸）が生成されます。家畜糞のメタン発酵後の消化液処理や堆肥作りなど、肥料の嫌気発酵において重要なプロセスです。
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シイタケとトリコデルマの競合において、無機窒素（硫安）添加でトリコデルマが優位になるのは、トリコデルマが無機窒素（アンモニウムイオン、硝酸）をアミノ酸合成に利用できるため。生成AIによれば、トリコデルマはアンモニウムイオンをGDH/GS-GOGAT経路でアミノ酸に同化でき、硝酸も利用可能だが、アンモニア還元が必要で効率は低い。他の真菌も無機窒素を利用できるのかを知りたい。
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イネの窒素肥料過剰による葉色濃化の原因を探求。湛水土壌ではアンモニア態窒素が主だが毒性があり、葉色変化やいもち病の真因に疑問が生じる。記事は、土壌表層の酸化層やイネ根近傍での硝化により硝酸態窒素が生成・蓄積される可能性を指摘。これが葉色濃化といもち病発生の一因であり、有機態窒素・アミノ酸利用が重要だと示唆している。
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葉の色が濃い野菜は硝酸態窒素濃度が高く、秀品率が低下する。牛糞堆肥中心から植物性堆肥に変えることで、ミズナの葉の色は薄くなり、秀品率は向上した。硝酸態窒素は植物体内でアミノ酸合成に利用されるが、その過程はフィレドキシンを必要とし、光合成と関連する。硝酸態窒素過多はビタミンC合成を阻害し、光合成効率を低下させる。また、発根量が減り、他の栄養素吸収も阻害される。結果として、病害抵抗性も低下する。葉の色は植物の健康状態を示す重要な指標であり、硝酸態窒素過多による弊害を避けるため、植物性堆肥の利用が推奨される。
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「山谷知行 イネの窒素飢餓応答戦略」は、イネが主要な窒素栄養源であるアンモニウム態窒素を根で速やかにアミノ酸（グルタミン、アスパラギン）に同化し、地上部へ輸送するメカニズムを解説しています。窒素利用効率（NUE）の向上は重要課題であり、窒素吸収・同化・転流・再利用に関わる分子機構や遺伝子が詳細に示されています。特に、窒素欠乏時には、アンモニウムトランスポーターなどの吸収関連遺伝子が誘導され、葉の老化を促進しつつ窒素を新しい成長点や穂へ効率的に再分配する戦略が明らかにされています。これらの知見は、窒素利用効率の高いイネ品種の開発や、環境負荷を低減しつつ生産性を向上させる技術への貢献が期待されています。
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土壌中の硝酸態窒素は、脱窒作用により窒素ガスとなって大気中に放出される。脱窒菌が硝酸イオンを窒素ガスに変換するこの過程で、肥料成分としての窒素が失われる。土壌中の窒素は、タンパク質分解から硝化、還元、そして脱窒へと複雑な変化を遂げるため、安定した測定が困難となる。基肥の効果をNPKベクトルで評価する際、この窒素の不安定性が課題となる。変動する窒素量を包括的に捉える指標が必要とされている。
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アミノレブリン酸(ALA)は、植物の葉緑素や赤血球成分など重要な物質の前駆体。ALA合成には硝酸還元に必要なシロヘムの生成に鉄が必要で、ALA周辺分子が不足すると硝酸利用効率が低下する。光合成不足では硝酸態窒素が活用されない点と合致する。鉄は二価鉄である必要があり、有機物由来の電子で三価鉄が還元されるため、糖の潤沢な供給が重要。ALA肥料は鉄、マグネシウムとの併用で効果を発揮するが、高濃度では除草剤となるため注意が必要。ALAは多くの生物が必要とするため元肥効果は限定的だが、特定状況下では大きな効果が期待できる。
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土壌のCEC（陽イオン交換容量）測定は、土壌が保持できる養分の量を測る方法です。まず酢酸アンモニウムで土壌中の陽イオンをアンモニウムイオンに置換し、エタノールで洗浄後、塩化カリウムでアンモニウムイオンを溶出させます。この溶出したアンモニウムイオン量を測定することで、土壌のCEC、つまりマイナスの電荷量を間接的に測ることができます。測定単位はmeq（ミリイクイバレント）で、イオンの電荷数を示します。
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家畜糞（鶏糞など）と魚粕は、どちらも有機肥料だが、植物の窒素吸収形態に違いがある。家畜糞は尿酸や尿素が主体で、植物はこれらをアンモニウムイオンや硝酸イオンに変換してから吸収し、光合成のエネルギーを使ってアミノ酸を合成する。一方、魚粕はタンパク質が主体で、土壌微生物がこれをアミノ酸に分解し、植物はアミノ酸を直接吸収する。そのため、魚粕は光合成エネルギーを節約でき、効率が良い。また、魚粕使用時は液胞に蓄積されるアミノ酸が多いため、作物の食味が向上する傾向がある。
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肥料の窒素は、植物によって吸収される形態が異なります。畑の作物は主に硝酸イオン（NO₃⁻）の形で窒素を吸収します。土壌中のアンモニウムイオン（NH₄⁺）は、微生物による硝化作用で硝酸イオンに変換されます。しかし、嫌気条件下では脱窒が起こり、窒素ガスが発生したり、亜硝酸がアンモニアに還元されます。一方、水田の稲はアンモニウムイオンの形で窒素を吸収します。近年、畑作物もペプチドやアミノ酸などの有機態窒素を吸収できることがわかってきました。大豆油粕や魚粕などは、こうした有機態窒素を含んでいます。
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植物は吸収した硝酸態窒素(NO₃⁻)を葉でアンモニウムイオン(NH₄⁺)に還元し、アミノ基(-NH₂)として利用する。このアミノ基は光合成で生成されたケトグルタル酸と結合し、グルタミン酸などのアミノ酸を合成する材料となる。つまり、硝酸態窒素はアミノ酸合成を通してタンパク質などの生体物質を作るのに必要だが、光合成が活発に行われていないと利用されない。
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硫酸アンモニウムが生理的酸性肥料である理由は、アンモニウムイオンの植物吸収と土壌反応にある。アンモニウムイオン(NH₄⁺)が植物に吸収されると、残った硫酸イオン(SO₄²⁻)が土壌中で反応し、水素イオンを放出することで土壌を酸性化させる。一方で、アンモニウムイオンは土壌のCECにも吸着し、その際に水素イオンを遊離させることで酸性化に寄与する可能性も示唆されている。単純な強酸と弱塩基の塩だから酸性という説明だけでなく、植物の吸収と土壌反応、CECとの相互作用も土壌酸性化に関わっている。
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ソルゴーなどのイネ科緑肥は土壌改良に有効だが、冬場はエンバクを、それ以外の緑肥としてはマメ科植物がある。マメ科緑肥の代表例はヘアリーベッチで、根粒菌との共生により窒素固定を行う。根粒菌は空気中の窒素ガスをアンモニウムイオンに変換し、植物がアミノ酸合成に利用できる形にする。そのため、マメ科緑肥は窒素肥料をあまり必要としない。一方、イネ科緑肥は多くの養分を必要とするため、堆肥などの資材投入が必要となる。つまり、資源が豊富な場所ではイネ科、そうでない場所ではマメ科緑肥が有効と言える。
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二次発酵では鶏糞の冷却が行われ、特筆すべき反応は無い。三次発酵の焦点は残存アンモニアの処理。一次発酵で尿酸からアンモニアに変換されたものの、気化しきらなかったアンモニアが刺激臭の原因となるため、ミネラル欠乏を防ぐ目的で硝化細菌による酸化が必要となる。硝化細菌は1ヶ月かけてアンモニアを酸化させるため、二次・三次発酵では頻繁な切り返しは不要。土着菌である硝化細菌の活性化を促進するために、生育の良い畑の土を混ぜ込むのも有効。硝化作用以外にも反応は起こるが、詳細は後述。
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土壌消毒で硝化細菌が死滅すると、アンモニウムイオンが硝酸イオンに変換されず土壌中に蓄積する。アンモニウムイオンはマグネシウムなどの陽イオンミネラルの吸収を阻害するため、施肥計画通りの効果が得られない可能性がある。硝酸イオンは陰イオンなので陽イオンミネラルの吸収阻害は起こさない。リン酸イオンなど他の陰イオンの吸収阻害も、リン酸過剰になりやすい土壌環境ではむしろ有益な可能性がある。つまり、適切な土壌微生物は作物の養分吸収バランスを整える役割を担っている。将来的には、無機肥料ではなく有機肥料（アミノ酸等）が主流になることで、このような問題が軽減される可能性がある。
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アンモニアは即効性のある窒素肥料で、タンパク質の分解過程で生成される。タンパク質がアミノ酸に分解され、さらにアミノ酸が酸化的脱アミノ反応を受けるとアンモニア（アンモニウムイオン）が発生する。グルタミン酸の酸化的脱アミノ反応はその一例である。タンパク質は植物の光合成産物であるため、アンモニアは太陽光由来のエネルギーの最終的な形とも言える。
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肥料名の接頭語で効きの速さがわかる。硫酸〇〇、硝酸〇〇、クエン酸〇〇は速効性、炭酸〇〇、リン酸〇〇は遅効性を持つ傾向がある。石灰を例に取ると、炭酸石灰は土壌pH調整に有効だが溶けにくいため速効性はなく、土作りに向いている。一方、硝酸石灰などは速効性が高いが、障害も起こりやすい。つまり、接頭語を見れば、土作りには炭酸塩、追肥には硝酸塩のように使い分けができる。
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硫安は水溶性が高いため速効性があり、肥料として有効だが、土壌への影響も大きい。土壌酸性度が高い肥料であり、使用すると土壌を酸性化させる。硫安が水に溶けるとアンモニウムイオンと硫酸イオンに分かれ、植物に吸収されずに残った硫酸イオンが硫酸や硫酸カルシウムとなり土壌に影響を与える。土壌の酸性化だけでなく、硫酸カルシウムの残留も問題となる。
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尿素は化学式CO(NH2)2で表される有機化合物で、最も単純なジアミドです。無色無臭の結晶性物質で、水に溶けやすく、吸湿性があります。窒素肥料として広く利用されており、窒素含有率が高いため、効率的な窒素供給源となります。土壌中で加水分解され、アンモニアを経て硝酸態窒素に変換され、植物に吸収されます。工業的にはアンモニアと二酸化炭素から合成され、農業以外にも樹脂や医薬品などの原料としても使用されます。安全な物質ですが、大量摂取や皮膚への長時間の接触は避けるべきです。