植物のミカタ

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コウジカビ（オリゼー）は、毒素を出すフラバスを家畜化したもの。フラバスはアフラトキシンという有害なカビ毒を作る。オリゼーをどうやって得たのか？ 元々フラバスで味噌を作っていたのか、自然界にオリゼーがいたのか？ もし発酵過程でアフラトキシンが無毒化されるなら、その反応を知りたい。

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フザリウム属のカビが作るマイコトキシンの一種、デオキシニバレノールについて解説。これは作物（コムギ赤さび病の原因）と人体に有害で、セロトニンの合成に影響を及ぼす可能性がある。デオキシニバレノールはグルクロン酸化で無毒化される。

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フザリウム属の糸状菌を培養すると独特の臭いがあるという話を聞き、カビ臭について調査。ゲオスミンという降雨後の地面の匂いを持つ化合物が見つかった。しかし、フザリウムがゲオスミンを合成するかは不明。フザリウムが合成する臭気は別のものと考えられる。

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フザリウムは植物寄生性を持つ糸状菌で、有機質肥料も利用するため注意が必要です。有機物の競合相手としてコウジカビ（アスペルギルス属）が挙げられますが、コウジカビにも植物に病原性を示す種が存在します。これらの菌の生息環境を理解することは有機質肥料への理解を深めることに繋がるため、まずは文献が多いコウジカビから調べていきます。

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家畜糞の臭気成分トリメチルアミンは、刺激臭があり肥料利用時に問題となる。切り返しによる自然減に加え、酸化反応を抑制したい。穏やかな酸化剤（過酸化水素）と反応させると、トリメチルアミン-N-オキシド（無臭、揮発性）に変化する。これにより臭気を低減できる。今後は、トリメチルアミンの分解について検討する。

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牛糞の初期発酵に関わる真菌は明確には特定されていないが、堆肥化プロセスから推測できる。堆肥化初期の糖分解段階では、アスペルギルス属（コウジカビなど）、ペニシリウム属、ムコール属などの真菌が関与し、発熱を伴う。温度上昇により真菌活性は低下し、好気性細菌が優位になる。 温度低下後のセルロース分解を経て、リグニン分解段階で再び真菌が活性化するが、牛糞の場合は窒素過多により白色腐朽菌の活動は限定的となる可能性があり、主要な真菌は不明である。

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醤油発祥の地として知られる和歌山県湯浅町。鎌倉時代に中国から伝わった味噌製造から偶然生まれた醤油ですが、著者は、その過程で重要な役割を果たすコウジカビに着目します。 紀伊山地に囲まれた湯浅町の地理条件を考えると、森林に自生するタブノキを宿主とするコウジカビが、海と山が近い環境で繁殖し、醤油醸造に適した環境を生み出したのではないかと推測しています。 これはあくまで著者の想像ですが、醤油の歴史に自然環境が深く関わっている可能性を示唆する興味深い視点を含んでいます。

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古代日本では、船の材木は地域によって異なり、瀬戸内や太平洋側ではクスノキ、日本海側ではスギが用いられました。 クスノキは史前帰化植物で、薬や防虫剤として利用価値が高く、植林された可能性もあります。大きなクスノキは深い森で育つため、古代においては、森と人の生活圏のバランスが重要だったと考えられます。

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ラムネ菓子に含まれるブドウ糖の製造方法について解説しています。ブドウ糖は砂糖と比べて甘味が少ないものの、脳が速やかに利用できるという利点があります。植物は貯蔵時にブドウ糖をショ糖に変換するため、菓子にブドウ糖を配合するには工業的な処理が必要です。 ブドウ糖は、デンプンを酵素で分解することで製造されます。具体的には、黒麹菌から抽出されたグルコアミラーゼという酵素を用いた酵素液化法が用いられます。かつてはサツマイモのデンプンが原料として使用されていました。 この記事では、ブドウ糖の製造がバイオテクノロジーに基づいたものであることを紹介しています。

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シイの花の開花は、昆虫や動物にとって貴重な食料源となります。花蜜や花粉はハチにとって重要で、タンニンが少ないドングリは動物たちの貴重な食料です。シイは森の生態系において重要な役割を果たしており、都市開発による減少は、ハチの減少、ひいては人間の食生活にも影響を与える可能性があります。生物多様性の保全が、私たち自身の生活を守ることにつながるのです。

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朝食の定番である味噌汁に含まれるタンパク質が、いつ利用可能になるのかを解説しています。 栄養士コラムによると、味噌汁の消化時間は3時間以内とのこと。 つまり、午前7時に味噌汁入り朝食を食べると、アミノ酸が利用できるようになるのは午前10時頃になります。 ただし、これは味噌汁の具材も含めた平均的な時間なので、目安として捉えてください。

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土壌中の難分解性有機態リン酸であるフィチン酸が過剰に蓄積すると、植物はリン酸を吸収しにくくなる問題がある。解決策として、フィチン酸を分解するコウジカビなどの微生物の働きを活性化させる方法が有効だ。具体的には、腐植質を投入して土壌環境を改善し、ヒマワリなどの緑肥を栽培する。さらに、米ぬかなどのリン酸豊富な有機物施用時は、無機リン酸の施用を控えるべきである。

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芝生で見つけたボール状のキノコは、高級食材のショウロではなく、オニフスベの幼菌と推測されます。ショウロはマツ等の根に共生する菌根菌である一方、オニフスベは腐生菌であり、頻繁に草刈りされる芝生は生育条件に合致するためです。ただし、ホコリタケの可能性も考えられます。写真の子実体は発生したばかりで、ホコリタケの特徴である表面のトゲはまだ確認できません。そこで、子実体をひっくり返して割ってみたところ… (続きは本文)

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コウジカビは、日本酒、味噌、醤油など日本の発酵食品に欠かせない微生物です。元々は森林などの土壌に生息し、植物の葉や実を分解する役割を担っていました。人間はコウジカビの力を利用することで、豊かな食文化を築き上げてきました。しかし、近年では住宅の高気密化や生活様式の変化により、コウジカビが繁殖しやすい環境が室内に生まれてきています。その結果、アレルギー症状を引き起こす事例も報告されています。コウジカビは有用な微生物である一方、現代の生活環境において新たな課題も突きつけていると言えるでしょう。

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筆者は生ゴミを土に埋めて処理しており、最近、穴に落葉を敷き詰めるようにしたところ、生ゴミの分解が早まったように感じています。これは、落葉に含まれるポリフェノールが、土壌中の糸状菌が有機物を分解する際に発生する活性酸素を吸収し、菌の活動を促進しているのではないかと推測しています。ただし、これは測定に基づいたものではなく、あくまで実感に基づいた推測であることを強調しています。

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柑橘類の皮に含まれるリナロールは、抗菌作用を持ち、ミカンなどの果実を菌感染から守る役割を果たしている。このため、リナロールを含むミカンの香りを吸い込むことで、同様の抗菌効果が人体内で期待でき、鼻風邪やのどの痛みなどの風邪症状の予防や改善につながる可能性がある。さらに、リナロールはビタミンAやEの合成に必要な中間体でもあるため、植物にとって重要な物質と考えられている。

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殺菌剤の使用は、しばしば害虫による食害被害の増加につながる。これは、殺菌剤が害虫の天敵である菌類も殺してしまうためである。例えば、うどんこ病菌に感染したアブラムシは、特定の菌類に感染しやすくなり、結果的にアブラムシの個体数が抑制される。しかし、殺菌剤を使用すると、この菌類も死滅し、アブラムシの個体数が増加、ひいては作物への被害拡大につながる。同様に、殺虫剤と殺菌剤の併用は、拮抗菌を排除し、標的害虫の抵抗性を高める可能性も示唆されている。つまり、病害虫防除においては、殺菌剤の安易な使用を避け、生態系のバランスを考慮した総合的な対策が重要となる。

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「エッセンシャル土壌微生物学 作物生産のための基礎」は土作りに興味のある人にオススメ。土壌微生物の働きだけでなく、団粒構造における粘土鉱物の役割、酸化還元電位による肥料効果や水田老朽化への影響まで丁寧に解説。土壌中の電子の挙動(酸化還元)を理解することで、土壌消毒や稲作の中干しといった実践的な課題についても深く考察できる。関連する記事では、緑泥石、メタン発生、ポリフェノール鉄錯体、コウジカビ、ベントナイト、土壌消毒など多様な視点から土壌への理解を深めることができる。

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巨大な菌糸ネットワークが森の植物の根と共生し、山の端から端まで広がっている場合がある。菌糸は有機酸を分泌し土壌を柔らかくしながら伸長する。畑で菌糸ネットワークによる「菌耕」の効果は耕起により阻害されるため、土壌撹拌の少ない環境に適していると考えられる。耕起される畑ではミミズの活動に注目すべき。関連として、ヤシャブシと共生するキノコ、人間の生活に進出したコウジカビ、森林の縁を超えて広がる菌類の活動などが挙げられる。

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コウジカビは、日本の発酵食品に欠かせない微生物である。米麹を作る際にデンプンを糖に変える酵素を分泌し、味噌や醤油、日本酒などの風味を作り出す。元々はイネの穂に付着するカビだったが、人間が選抜・培養することで家畜化され、現代社会に不可欠な存在となった。コウジカビはイネの他にムギなどにも存在するが、人間の生活に役立つ種は限られている。また、コウジカビは毒素を生成しない安全なカビであり、その特性を活かして食品だけでなく、医薬品やバイオ燃料の生産にも利用されている。このように、コウジカビは人間との共生関係を築き、多様な分野で活躍している有用な微生物と言える。

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この記事は、植物の根と共生する菌根菌、特にグロムス門の菌について解説しています。菌根菌は細い菌糸で養分を吸収し宿主に供給する代わりに、炭素化合物を得ています。また、宿主の食害耐性を高める効果も指摘されています。 記事では、グロムス門を理解するために、古い分類法である接合菌についても触れています。接合菌はカビなども含み、子嚢菌や担子菌のような大きな子実体を形成せず有性生殖を行います。胞子の散布範囲は比較的狭いと考えられています。

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コウジカビの有性生殖型（テレオモルフ）は長らく不明だったが、DNA解析によりマユハキタケ科の菌と判明した。マユハキタケはタブノキのような極相林の樹木に特異的に生える。一方、コウジカビは醤油蔵などで人間と共生し、無性生殖（アナモルフ）で繁殖する。醤油蔵の木桶はスギ製で、材料は里山などから調達されたと推測される。つまりコウジカビは本来深い森に生息する菌だが、里山を経て人間の居住地へ至り、故郷と隔絶された環境で無性生殖を行うようになったと考えられる。そして現代の技術によって、ついにその起源が特定されたという物語を想像できる。

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麹菌（*Aspergillus oryzae*）は長年無性生殖のみを行うと考えられていましたが、近年の研究で有性生殖も可能であることが確認されました。2016年の農研機構の報告では、麹菌の有性生殖を阻害する「不和合性」の仕組みを解明し、この仕組みを操作することで人為的な交配育種が可能になったことが示されています。 具体的には、異なる麹菌株を交配させる際に、不和合性遺伝子を操作することで、雑種形成を誘導することに成功しました。これにより、麹菌の新たな育種法として、有用な形質を持つ株同士を交配させ、優れた特性を持つ新しい麹菌を開発できる道が開かれました。この技術は、醤油や味噌などの発酵食品の品質向上や、新たな機能性を持つ麹菌の開発に大きく貢献すると期待されています。

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緑泥石は、土壌中で最も一般的な粘土鉱物であり、その形成過程は土壌の進化を理解する上で重要です。緑泥石は、一次鉱物の風化や変質、あるいは既存の粘土鉱物の変質によって生成されます。その形成には、特定の化学的環境と温度条件が必要です。マグネシウムや鉄などの元素の存在が緑泥石の形成を促進します。 緑泥石の生成は、土壌の物理的・化学的性質に大きな影響を与えます。その層状構造は、高い陽イオン交換容量と保水性を持ち、植物の栄養供給に貢献します。また、土壌の構造安定性にも寄与し、侵食を防ぎます。 緑泥石の種類は、土壌の生成環境や歴史を反映しています。異なる種類の緑泥石の存在は、過去の気候や地質学的イベントの手がかりとなります。土壌中の緑泥石を分析することで、土壌の形成過程や肥沃度を評価することができます。

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植物は、虫に食われたり、傷つけられたりすると、グルタミン酸を使ってその情報を全身に伝達する。グルタミン酸は動物の神経伝達物質としても知られるが、植物においても防御システムの活性化に重要な役割を果たす。 具体的には、傷ついた葉でグルタミン酸の濃度が急上昇すると、カルシウムイオンが細胞内へ流入し、電気信号が発生する。この電気信号が他の葉に伝わり、防御関連遺伝子の発現を促すことで、植物全体が防御態勢に入る。 この仕組みは動物の神経系に類似しており、植物にも動物のような高度な情報伝達システムが存在することを示唆している。この発見は、植物のストレス応答の理解を深め、農業や園芸への応用が期待される。

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植物は、損傷を受けた際にグルタミン酸を使って、まるで動物の神経系のように全身に信号を伝達している。グルタミン酸は、動物では神経伝達物質として知られるが、植物においても防御反応の引き金となる重要なシグナル分子として機能する。研究では、蛍光タンパク質を用いて植物体内のカルシウムイオンの動きを観察することで、損傷を受けた箇所からグルタミン酸の波が全身に伝播し、離れた葉でも防御反応が活性化されることが確認された。このグルタミン酸による信号伝達は、動物の神経系に類似した速さで起こり、植物が迅速に危険を感知し対応する仕組みを備えていることを示唆している。

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竹野海岸のグリーンタフ観察から土壌形成の過程を考察。グリーンタフは火山活動で生成された緑色の凝灰岩で、風化しやすい。風化によって粘土鉱物や金属イオンが放出され、土壌の母材となる。植物の根は土壌の固い部分を砕き、根の先端からは有機酸が分泌される。有機酸は鉱物の風化を促進し、根の表層から剥がれ落ちたペクチンなどの有機物は粘土鉱物と結合し、団粒構造を形成する。さらに、根から放出された二次代謝産物は微生物によって重合し、土壌に吸着される。このように、岩石の風化、植物の根の作用、微生物活動が複雑に絡み合い、土壌が形成される過程をグリーンタフ観察から推察できる。

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ボカシ肥にトレハロースを添加する例から、植物におけるトレハロースの役割を考察している。トレニアの組織培養で、培地のスクロースをトレハロースに置き換えると生存期間が延長した事例を紹介。これは植物が根からトレハロースを吸収し、環境ストレス耐性を向上させている可能性を示唆する。トレハロースは植物体内で増加すると乾燥耐性を高めることが知られており、吸水力向上による肥料吸収の増加、ひいては様々なストレス耐性の向上に繋がる可能性がある。このメカニズムとキノコとの関連性については次回議論される。

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ボカシ肥作りにおいてトレハロース添加の効果について考察している。トレハロースは微生物が生成する糖であり、食品加工では冷凍耐性を高めるために用いられる。ボカシ肥作りにおいても冬季の低温による発酵への悪影響を防ぐ目的で添加される可能性がある。しかし、米ぬか等の材料が低糖状態かは不明であり、経験的に発酵が停止したこともないため、添加は不要と判断。一方で、植物へのトレハロースの効果に着目し、トレハロースを多く含む可能性のある廃菌床堆肥の有効性についても言及している。

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パンは、強力粉、イースト菌（酵母、乳酸菌、コウジカビ等を含む）、砂糖、塩、水から作られる。イースト菌によるアルコール発酵で、ブドウ糖からアルコールと二酸化炭素が発生し、この二酸化炭素がパンを膨らませる。焼成時にアルコールは揮発するが、一部残存する場合もある。パンのカビやすさは、栄養豊富で水分を含むため。イースト菌はアルコール発酵以外にも、パンの栄養価や香りに繋がる様々な発酵を行うと考えられる。パン作りは土壌理解にも役立つ知見を含んでいる。

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土壌消毒を見直すべき時期が来ている。深く耕すと病原菌が浮上する懸念があるが、土壌消毒剤は深部に届かない可能性がある。糖蜜やエタノールを用いた土壌還元消毒は深部の病原菌を減少させる効果がある。これは米ぬかによる土壌還元消毒と同じ原理で、嫌気環境下で有機物が分解される際に土壌の酸化還元電位が変化し、過酸化水素や二価鉄が生成され、ヒドロキシラジカルによる強力な滅菌作用が生じるためと考えられる。土壌改良材、米ぬか/糖蜜、酸素供給材を組み合わせ、マルチで覆うことで、病原菌の生育環境を改善できる可能性がある。連作を避け、ソルガムなどの緑肥を栽培すれば更に効果的。米ぬかは菌根菌増殖や食害軽減にも繋がる。

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殺菌剤のボルドー液がブドウの土壌環境に影響を与える可能性がある。ボルドー液が糸状菌の活動を抑制し、フェノール性化合物の酸化と重合を妨げることで、発根が阻害され、微量要素の吸収量が低下し、品質が低下する可能性がある。さらに、発根が弱まると、虫や病気に弱くなることも懸念される。また、銅は発根がなければ吸収されにくく、コウジカビなどの糸状菌のポリフェノール関連の活動が発根を誘導するために不可欠となる。ブドウやミカンなどの栽培では、耕うんや腐植酸の投入が困難であるため、ボルドー液の使用による土壌環境の変化を考慮することが重要である。

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イネ科緑肥の根から分泌されるムギネ酸類は、アレロパシー物質として雑草抑制効果を持つとされてきた。しかし、ムギネ酸類は鉄キレート化合物であり、鉄欠乏土壌で鉄を吸収するための物質である。鉄欠乏土壌では、ムギネ酸類の分泌により雑草も鉄欠乏に陥り、生育が抑制される。つまり、ムギネ酸類自体は直接的なアレロパシー物質ではなく、鉄欠乏を介した間接的な効果である可能性が高い。実際、鉄欠乏でない土壌ではムギネ酸類による雑草抑制効果は確認されていない。したがって、イネ科緑肥のアレロパシー効果は、土壌の鉄の状態を考慮する必要がある。

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台風や大雨による土壌の酸素欠乏は、作物の根腐れを引き起こす大きな要因となる。酸素供給剤は、過酸化カルシウムが水と反応することで酸素を発生させる肥料で、この酸素供給は根の呼吸を助けるだけでなく、土壌微生物の活動も活性化させる。特に好気性微生物は酸素を必要とするため、酸素供給剤の施用は土壌環境の改善に繋がる。これにより、植物の生育が促進され、災害後の回復力も向上する。さらに、酸素供給剤は過酸化水素を生成し、これが土壌病害の抑制にも効果を発揮する。これらの効果から、酸素供給剤は自然災害による農作物被害の軽減に有効な手段となり得る。

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ネギとマルチムギ（コムギ）の混作で、劣悪土壌の改善、アザミウマ防除、ネギ生育向上に成功した事例から、コムギのアレロパシー物質DIMBOAに着目。DIMBOAは広範囲の病原体への抗生物質だが、土壌への吸着で活性を失う可能性がある。そこで、緑肥マルチムギの効果を高める施肥設計を提案。次作の基肥と共に堆肥を投入し、緑肥の生育環境を整える。さらに、黒糖肥料を追肥することで、糖供給によるDIMBOAの土壌吸着促進と、アミノ酸・金属による成長促進を図る。つまり、緑肥を衰退した環境に植えるのではなく、堆肥と黒糖肥料で積極的に生育を促し、アレロパシー効果を最大限に活かす戦略。同時に、コウジカビがアレロケミカルを宿主にとって無毒で有益な物質に変換する可能性にも言及。

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桜の葉に含まれるクマリンは、桜餅の香りの成分であり、アレロケミカルとして病害虫や周辺植物の成長を阻害する作用を持つ。通常はクマル酸の形で細胞内に存在し、細胞が死ぬとクマリンが生成される。クマル酸はフェニルアラニンから合成される。クマリンは香気成分として揮発するほか、落ち葉にも残留すると考えられる。土壌中でクマリンがどのように作用するかは不明だが、カテキンと同様に土壌微生物によって分解され、団粒構造形成に寄与する可能性がある。

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ニセアカシアはアレロパシー物質としてカテキンを分泌する。土壌中の有機物や粘土鉱物に吸着され活性を失うが、これはコウジカビがフミン酸を合成し土壌中のアルミニウムと結合する話と関連するのではないか、という考察。ニセアカシアのカテキンは土壌改良に繋がる可能性があり、コウジカビにとっても養分獲得に有利になるかもしれない。加えて、ニセアカシアはシアナミドも分泌する。

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米ぬかは、キノコ栽培やボカシ肥料において重要な役割を果たす。キノコは難分解性有機物であるリグニンを分解する際に過酸化水素を利用するが、この過酸化水素はクロコウジカビが米ぬか由来の糖を分解する過程で生成される。つまり、米ぬかを培地に加えることで、キノコの生育に必要な過酸化水素の供給源を確保できる。また、米ぬかボカシ肥料は、デンプン分解と同時に過酸化水素の生成も期待できるため、病害抑制効果を持つ可能性がある。これは過酸化カルシウムと二価鉄による土壌消毒と類似したメカニズムで、過酸化水素が活性酸素を発生させ、病原菌を死滅させる。このように、米ぬかは過酸化水素生成を通じて、キノコ栽培や土壌病害抑制に貢献する。

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名古屋大学の研究チームは、植物ホルモン・オーキシンが植物の発根を促進する詳細なメカニズムを解明しました。オーキシンは、植物の細胞壁を緩める酵素を活性化させることで発根を促進します。 具体的には、オーキシンが細胞内の受容体と結合すると、特定の転写因子が活性化されます。この転写因子は、細胞壁を分解する酵素群の遺伝子の発現を促し、細胞壁を緩めます。これにより細胞の伸長が起こりやすくなり、発根が促進されることが分かりました。この発見は、発根を制御する農薬の開発に貢献する可能性があります。

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無添加味噌を常温保管していたところ、1ヶ月でカビが生えた。自家製味噌ではカビが生えたら表面を捨てるのが慣習だが、味噌は麹カビで発酵させたものなので、カビが生えるのは自然なこと。しかし、未知の微生物である可能性もあるため、食べるのは危険。味噌販売者によると、市販味噌にはカビの働きを抑えるためアルコールが添加されており、アルコールが蒸発する時期が賞味期限。賞味期限後は熟成が始まるので、空気を抜いて保存すれば、安価で上質な味噌が手に入るという（自己責任）。味噌は元々がぎゅうぎゅう詰めなので、表面のカビを捨てるだけで良い。

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土壌中のアルミニウムは、腐植物質の分解を抑制する役割を果たします。腐植物質は土壌の肥沃度にとって重要ですが、微生物によって分解されます。アルミニウムイオンは腐植物質と強く結合し、微生物による分解から保護します。この結合は、アルミニウムイオンが腐植物質の表面に吸着したり、腐植物質の内部に入り込んで錯体を形成したりすることで起こります。特に酸性土壌では、アルミニウムイオンの濃度が高いため、この保護作用が顕著になります。結果として、アルミニウムの存在は土壌中の腐植物質の蓄積を促進し、土壌の長期的な肥沃度維持に貢献します。

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発酵鶏糞は、鶏糞を有効利用した肥料で、適切な発酵過程を経ることで良質な肥料となる。生の鶏糞は作物に害があるため、発酵は必須。発酵過程で微生物が有機物を分解し、植物が吸収しやすい形に変換する。これにより、肥料効果が高まり、土壌改良にも役立つ。 具体的な製造過程では、鶏糞に米ぬか、油かす、カニ殻などを混ぜ、水分調整後、切り返しを行いながら約1ヶ月間発酵させる。この間、微生物の活動により温度が上昇し、堆肥化が進む。適切な水分管理と切り返し作業が、良質な発酵鶏糞を作る鍵となる。発酵鶏糞は、化学肥料に比べて肥効が穏やかで持続性があり、土壌の物理性改善にも効果的である。

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米ぬかボカシを作る際、嫌気発酵が必須であり、密封と適切な水分量が重要です。水分過多だとタンパク質が分解されアンモニアが発生し、有機酸の利点を損ないます。また、密封が不完全だと酸素が入り込み、好気分解により水が生成され、これもアンモニア発生につながります。成功すれば有機酸が豊富になり甘い香りがしますが、失敗するとアンモニア臭が強くなります。適切な水分量と密封により、ピルビン酸や乳酸などの有機酸が豊富に含まれた良質なボカシ肥料を作ることができます。

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米ぬかボカシを作る際、好気発酵と嫌気発酵どちらが良いかという議論があるが、ボカシの特質上、嫌気発酵が適している。ボカシはデンプンを多く含む米ぬかを使用するため、そのまま施肥すると土壌でカビが発生し窒素飢餓を引き起こす。そこで、デンプンを植物が利用しやすい形に変換する必要がある。デンプンは加水分解によりブドウ糖に分解されるが、この反応は好気・嫌気どちらでも起こる。重要なのはブドウ糖の分解過程で、好気条件下では水と二酸化炭素に分解されてしまい肥料としての価値が失われる。一方、嫌気条件下では有機酸に変換され、窒素飢餓を防ぎ、土壌にも有益な効果をもたらす。そのため、米ぬかボカシ作りには嫌気発酵が最適と言える。

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アンモニア酸化細菌がアンモニアを亜硝酸に酸化し、さらに亜硝酸酸化細菌が亜硝酸を硝酸に酸化する一連の反応を硝化作用という。生物は物質を酸化し電子を得ることでエネルギーを産生する。アンモニア酸化でも細菌は電子を得て活動しており、有機物の分解によるエネルギー産生は酸化的リン酸化と呼ばれる。生物は電子を欲しがるため、還元されたアンモニアは誰が作ったのかという疑問が生じる。

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木材を早く分解するには、麹菌などの働きで前処理しておくのが有効です。グルコースオキシダーゼという酵素を持つ麹菌（例：クロコウジカビ）は、グルコースを分解する過程で酸素を過酸化水素に還元します。この過酸化水素も木材分解に寄与します。 米ぬかなどのデンプン質は麹菌の栄養源となるため、木材に米ぬかを混ぜておくことで麹菌の活動を促し、その後にキノコなどの木材腐朽菌が働きやすくなる環境を作ることができるのです。